这故事发生在归墟古籍馆，就像一个神秘的书虫王国。黄凯这小伙子，刚接手这古籍馆才第三天，就被一堆破事儿缠上了。
这馆里的书啊，堆得像小山似的，每本都有虫洞，看着就可疑。前任管理员陈默失踪都三年了，这书就这么一直堆着。
这天，黄凯正蹲在地下室，手指摸着《林氏族谱》的封皮。这封皮是深棕色的绢布，上面爬着几条带金色纹路的书虫，就像有人用细笔在虫背上画了指纹，怪渗人的。
突然，门口传来王伯的声音：“小同志，我昨天看的那章咋没了？”王伯是这馆里的常客，天天来查《林氏族谱》，说是要找他父亲当年在晚清县衙当差的记录。
黄凯赶紧翻开族谱，嘿，原本标着“光绪二十三年”的页面真就空了，纸页边缘还有整齐的啃痕，就像被啥东西精准咬掉了一样。
黄凯含糊地解释：“可能是我整理时放错了？”王伯摇摇头，从口袋里掏出几粒金色颗粒：“刚才翻书时掉出来的，像虫屎，你瞅瞅。”黄凯接过，这颗粒在手心烫得厉害，就像藏着一团没熄的火。
到了后面，黄凯在显微镜下看到书虫，触角上刻着极小的“陈”字，翅膀的纹路和陈默的指纹一模一样。他翻出陈默的入职资料，照片里的陈默戴着圆框眼镜，指尖沾着墨渍，笑得那叫一个温和。黄凯就纳闷了：“陈哥，你留下的虫，到底想告诉我啥？”
下午，古籍修复师李姐来取书，翻开《晚清冤狱录》就叫起来：“这章‘林秀沉塘’咋没了？我上周还帮你补过页呢！”黄凯凑过去一看，书页上全是规则的虫洞，就像有人用圆规画了圈。李姐摸着虫洞边缘，脸色发白，说：“这不是普通书虫咬的，像...在啃记忆。”
当晚，黄凯在书堆里发现一个铁盒，里面装着陈默的日记。最后一页写着：“书虫在吃《林秀冤狱》的内容，赵元不让我恢复。他们要杀我。”页脚还沾着暗褐色的血渍，看着就像个警告。
再后来，黄凯发现自己对童年照片里和陈默的事儿完全没印象，就给母亲打电话。母亲沉默半天说：“陈默是你爸的朋友，当年帮过我们。后来他失踪了，你爸说...别问了。”
挂了电话，黄凯发现手心沾着早上从《林氏族谱》里掉出来的金色颗粒。他鬼使神差地放进嘴里，突然就想起小时候陈默蹲下来给他水果糖，还说：“小凯，等你长大，要帮我守住这些书。”
黄凯握着照片走进地下室，在墙角的旧书堆里发现了陈默的尸体，手指上还戴着圆框眼镜。突然，尸体旁边的书虫动了起来，金色纹路拼成陈默的脸，传来声音：“小凯，你来了。林秀的冤情被篡改了，赵元收了地主的钱，把她写成荡妇。我试图恢复，他害死了我。书虫是我的冤魂，我要让赵元付出代价。”
黄凯服用了一颗虫粪药丸，看到了林秀的记忆。原来光绪二十三年，林秀拒绝了地主周福的追求，被周福诬陷通奸，绑到池塘边，村民们扔石头骂她，她喊着“我没做”被推进水里，最后一眼还看见周福拿着《晚清冤狱录》冷笑。
黄凯找到《林秀冤狱》的原本，上面有陈默的批注，他把原本扫描发给市博物馆的研究员。研究员说这是重要史料，如果是真的，林秀的冤情能平反。
第二天早上，古籍馆乱成一团，读者们抱着书哭，说自己记不得论文，族谱里没了爷爷名字。黄凯一翻，发现所有关于林秀的章节都被啃光，虫洞拼成“真相”二字。
赵元来了，挺着个大肚子，不耐烦地指责黄凯。黄凯把陈默的日记扔给他，说：“你害死了陈哥，篡改了林秀的冤情，现在书虫在复仇！”
赵元嘴硬说黄凯疯了，可刚要走就被无数书虫爬上腿，金色纹路拼成林秀的脸，喊着要他付出代价。赵元被书虫咬得满地打滚，只好哭着承认罪行。
陈默的怨灵出现，书虫回到他身边。他对黄凯说：“小凯，谢谢你。林秀的冤情就要平反了，我可以安息了。”
赵元被警察带走，黄凯把《林秀冤狱》的原本交给博物馆，研究员说林秀的冤情能平反。当晚，古籍馆里虫鸣像歌声，被啃光的章节又回来了。窗外，陈默和林秀的鬼魂朝黄凯挥手后消失在月光里。
三个月后，归墟古籍馆重新开馆。黄凯站在门口笑着迎接读者。一个小读者举着《格林童话》跑过来说有虫洞，黄凯翻开，虫洞拼成“加油”二字。他笑着摸摸小读者的头。
晚上，黄凯坐在地下室翻开陈默的日记，在最后一页加了一行字：“陈哥，林秀的冤情平反了，你可以安息了。我会守住归墟馆，守住所有的记忆。”窗外虫鸣响起，像陈默的笑声，黄凯抬头，看见月亮里有个戴圆框眼镜的男人朝他挥手。故事到这儿，也就完咯。