刘备入主襄阳，拥立刘琦为荆州牧，自领荆州刺史，看似名位已定，然荆州内外，暗流远未平息。北有刘衍、曹操秣马厉兵，虎视眈眈；东有孙权对江夏旧地乃至整个荆州心存觊觎；内部，蔡瑁、张允虽除，但其残余势力及部分原本亲近曹操的士族（如蒯越等）依旧心怀异志，需要时间安抚、清理。而最让刘备与诸葛亮忧心的，却是那位名义上的荆州之主——刘琦。
刘琦病笃，天命难违
刘琦本就性格略显懦弱，长期受蔡氏压制，郁郁寡欢。其父刘表去世前后，又经历与蔡瑁集团的激烈斗争，以及突然被推上州牧之位的巨大压力，身心俱疲。入住州牧府后不久，竟一病不起。襄阳秋冬之交，湿冷难耐，刘琦偶感风寒，初时并未在意，奈何病来如山倒，加之底子虚空，病情迅速恶化，竟成沉疴。
刘备闻讯，亲自延请名医，日夜遣人问候，汤药饮食，无不关切备至。诸葛亮亦多次前往探视，宽言安慰。然而，药石罔效，建安十五年春，在位不足半年的荆州牧刘琦，终究没能扛过这场大病，病逝于襄阳，年仅三十余岁。
刘琦之死，在荆州引起了不小的震动，却也彻底扫清了刘备名正言顺掌控荆州的最大障碍。刘备表现出极大的悲痛，以叔父之礼厚葬刘琦，极尽哀荣，此举赢得了不少荆州旧臣的好感，认为其仁德念旧。
权柄归一，卧龙布政
刘琦既逝，荆州不可一日无主。在诸葛亮以及张颌、文丑旧部的拥戴下，荆州文武百官共同上表，推举刘备继任荆州牧。刘备几番推辞后，“不得已”而接受，正式成为荆州之主。
至此，刘备彻底掌控了南郡、襄阳、江夏、长沙、零陵、桂阳等荆州核心地域（南阳郡大部仍在曹操手中），真正拥有了立足之地。
诸葛亮被刘备拜为军师将军，署左将军府事（刘备仍保留左将军衔），总揽军政，权力仅次于刘备。他展现出卓越的治理才能：
· 内政：推行法治，整顿吏治，选拔贤能（如重用马良、马谡兄弟，蒋琬等人），抑制豪强，安抚流民，兴修水利，鼓励农桑。荆州在其治理下，迅速从刘表晚年的颓势中恢复过来，府库渐盈，民心归附。
· 军事：以张合、文丑为军中骨干，整训水陆兵马。文丑勇烈，负责陆战冲阵；张合多谋，负责营垒布防与机动作战。同时大力扩建水军，以原江夏水军为基础，打造楼船，训练水卒，控扼长江。
· 外交：派伊籍、马良等能言善辩之士，出使江东，重申盟好，稳住孙权，避免两线作战。同时，密切关注北方曹操与刘衍的动向，以及西川刘璋的局势。
西望益州，隆中对策
这一日，刘备与诸葛亮於襄阳城楼议事，西望群山，云雾缭绕。
“先生，今荆州初定，然北有曹、刘两大强敌，东有孙权需时时提防，备常感力不从心。隆中之策，下一步当如何？”刘备问道。
诸葛亮羽扇指向西方，目光深邃：“主公，荆州虽是用武之国，然北受曹操之迫，东有孙权之忌，难以尽情施展。欲成霸业，必取益州！益州险塞，沃野千里，天府之土，高祖因之以成帝业。今刘璋暗弱，张鲁在北，民殷国富而不知存恤，智能之士思得明君。”
他进一步分析：“我军新得荆州，需时间稳固。可先遣细作入川，结交蜀中豪杰，探听虚实，散布主公仁德之名。同时，厉兵秣马，广积粮秣。待时机成熟，或刘璋邀请，或其内部生变，便可提一支兵，以助其防御张鲁或平定内乱为名，西进入川，则益州可图矣！”
刘备闻言，精神大振：“先生之言，令备豁然开朗！然则，以何名义入川？刘季玉（刘璋）虽暗弱，终究同为汉室宗亲，无故伐之，恐失天下人心。”
诸葛亮微微一笑：“主公勿忧。刘璋性疑，且与张鲁有杀母之仇，势同水火。亮料其不久必求外援。届时，我便可应其邀，名正言顺，提兵入川！”
星落襄江，志在千里
就在刘备集团紧锣密鼓，为西进益州做准备之时，一个意外的消息从北方传来——曹操以其势大力强，逼迫朝廷，晋位魏公，加九锡，坐王驾，剑履上朝而不拜，其僭越之心，已昭然若揭。
此讯传来，荆州震动。刘备与诸葛亮深知，曹操此举，意在进一步巩固权力，整合力量，为其最终南征扫清障碍。留给荆州的时间，不多了。
刘备站在襄阳城头，望着脚下奔流不息的汉水，又望向西边那云雾深处的益州，目光坚定。刘琦的病逝，让他彻底掌握了荆州；曹操的晋位，则让他感到了前所未有的紧迫感。
“传令下去，加紧备战！遣简雍、孙乾，多带金帛，潜入益州，广交豪杰，探听消息！”刘备沉声下令。
“诺！”诸葛亮躬身领命，他知道，夺取益州，实现隆中对的第二步，已经刻不容缓。荆州的舞台已然稳固，下一幕波澜壮阔的大戏，将在那崇山峻岭之外的西川大地拉开序幕。而刘备集团，将在这乱世之中，向着鼎足天下的目标，迈出最为关键的一步。