公元497年春季，丙申日，北魏册立皇子元恪为太子。孝文帝在清徽堂设宴，谈及废太子元恂时，李冲谢罪说：“臣愧任太子师傅，未能尽到辅导之责。”孝文帝说：“朕尚且不能感化他的恶行，师傅何必谢罪呢！”
起初，尚书令王晏深受齐世祖的宠信重用，到齐明帝谋划废黜郁林王时，王晏立即欣然拥戴。郁林王被废后，明帝在东府与王晏宴饮，二人谈及时事，王晏拍着手说：“您过去常说我胆小，如今看怎么样？”明帝即位后，王晏自认为是辅佐新朝的功臣，常常非议贬低世祖时期的旧制。他身居朝廷首位后，处理事务大多独断专行，朝廷内外的重要职位，都任用自己的亲信，还屡次与明帝争执用人之事。明帝虽然因建国初期需要依赖王晏，但内心却是十分厌恶他。明帝曾整理世祖的宫中诏令，得到三百多封世祖给王晏的亲笔敕书，内容都涉及国家大事，又发现王晏劝谏世祖让明帝兼任吏部选官之事的奏疏，因此越发猜忌轻视他。始安王萧遥光劝说明帝诛杀王晏，明帝说：“王晏对我有功，而且没有定罪的理由。”萧遥光说：“王晏连武帝（世祖）都不能尽心辅佐，怎能忠心为陛下效力呢！”明帝听后沉默不语。接着，明帝便派遣心腹侍从陈世范等人出入街巷，打探民间对王晏的议论。王晏为人浅薄缺乏防备，一心希望能被授予开府仪同三司的官职，多次召来相面之人给自己看相，说自己定会大富大贵；与宾客交谈时，总喜欢屏退旁人私下密谈。明帝得知这些情况后，就怀疑王晏想要谋反，于是产生了诛杀他的念头。
奉朝请鲜于文粲暗中揣摩明帝的心意，告发王晏有谋反之心。陈世范又向明帝上奏说：“王晏谋划在四年南郊祭天之时，与世祖过去的主帅在途中发动叛乱。”恰逢有老虎闯入郊祀祭坛，明帝就更加恐惧了。郊祀前一天，朝廷下令停止举行活动，先通知了王晏和徐孝嗣。徐孝嗣遵奉诏令，而王晏却上奏称“郊祀是国家大典，陛下务必亲自前往”。明帝因此更加相信陈世范的话。丙辰日，明帝在华林省召见王晏，将他诛杀，同时处死北中郎司马萧毅、台队主刘明达，以及王晏的儿子王德元、王德和。随后，朝廷下诏说：“王晏与萧毅、刘明达因河东王萧铉见识浅薄、能力微弱，谋划拥立他为主，让他空占皇位。”王晏的弟弟王诩担任广州刺史，明帝派遣南中郎司马萧季敞袭击并杀死了他。萧季敞是明帝的堂叔祖弟弟。萧毅生活奢侈豪放，喜好骑马射箭，被明帝所忌恨，所以借着这件事陷害他。河东王萧铉起初因年纪尚轻、才能薄弱，所以未被明帝杀害。萧铉上朝觐见时，常常弯腰鞠躬，不敢与明帝并肩站立、直视明帝。到这时，他年纪渐长，便因王晏之事被罢官，软禁在家，不许与外人交往。
郁林王即将被废黜时，王晏的堂弟、御史中丞王思远对王晏说：“兄长蒙受世祖的厚恩，如今却突然辅佐他人做这样的事；对方或许只是暂时借助您的权势，不知兄长将来如何自立！如果趁现在自尽，或许还能保全家族门户，不损害身后名声。”王晏说：“我正在喝粥，没功夫考虑这件事。”等到王晏被任命为骠骑将军，召集子弟聚会时，对王思远的哥哥王思征说：“隆昌末年，王思远劝我自尽；当时如果听了他的话，怎会有今天的地位！”王思远立刻回应说：“依照我的看法，现在自尽还不算晚！”王思远知道明帝表面上优待王晏，内心却已猜忌他有二心，便趁机对王晏说：“时事渐渐不同了，兄长难道没察觉吗？普通人大多不擅长为自己谋划，却善于算计别人。”王晏没有回应。王思远退下后，王晏才叹息说：“世上竟然有劝人去死的人！”十天后，王晏便败亡了。明帝得知王思远的话后，不仅没有治他的罪，还升任他为侍中。
王晏的表弟、尉氏人阮孝绪也知道王晏必定会败亡，王晏多次登门拜访，他都躲藏起来不见。阮孝绪曾经吃到一种美味的酱，询问后得知是从王晏家得来的，便立刻吐了出来并倒掉了酱。等到王晏败亡后，有人就为阮孝绪担忧，他说：“我与王晏是亲戚，但没有结党营私，有什么可害怕的！”最终得以幸免。
二月，甲子日，齐明帝任命左仆射徐孝嗣为尚书令，征召征虏将军萧季敞为广州刺史。
癸酉日，孝文帝抵达平城，召见穆泰、陆睿的党羽进行审问，没有一人声称自己是被冤枉的；当时的人都佩服任城王元澄的明察。穆泰及其亲信党羽全部被处死；孝文帝赐陆睿在狱中自尽，但宽恕了他的妻子儿女，只是将他们流放到辽西成为平民。
起初，孝文帝迁都洛阳，改变旧有的习俗，并州刺史、新兴公元丕对此都不乐意；孝文帝因他是皇室元老，也不逼迫他，只是用大道理开导他，让他不要产生异议罢了。等到朝中大臣都换上了汉服，朝堂上满是穿红衣的官员，唯独元丕仍穿着胡服身处其中，后来才勉强戴上帽子、系上腰带，但仍不注重仪容修饰，孝文帝也不强迫他。
太子元恂从平城将要迁往洛阳时，元隆与穆泰等人密谋留住元恂，趁机起兵封锁关口，图谋占据陉北地区。元丕在并州，元隆等人把他们的密谋告诉了他。元丕表面上担心事情不能成功，口中虽然反驳劝阻，内心却颇为赞同。等到事情败露，元丕跟随孝文帝抵达平城，孝文帝每次审问穆泰等人时，常常让元丕在一旁观看。有关部门上奏说元业、元隆、元超的罪行应当灭族，元丕应当连坐治罪。孝文帝因曾下诏许诺元丕不死，便免去他的死罪，将他贬为平民，留下他的后妻和两个儿子，让他们居住在太原，处死了元隆、元超以及他们的同胞兄弟元乙升，其余亲属流放到敦煌。起初，元丕、陆睿与仆射李冲、领军于烈都曾受到孝文帝“不死”的诏命。陆睿被诛杀后，孝文帝赐给李冲、于烈的诏书中说：“陆睿的谋反叛逆之心，是他自己背弃天地鬼神的结果；违背誓约的是他，与朕无关。谋反叛逆不同于其他罪行，即便朕想怜悯宽恕，又怎么能做到呢？但朕仍不忘当初的誓言，准许他在别府自尽，免去他的妻儿被处死的刑罚。元丕的两个儿子、一个弟弟，带头作乱，连坐应当处死，朕特意宽恕他们贬为平民。朕原本期望与他们始终同心，没想到他们自己弃绝情义，违背朕的心意，实在令人悲痛！因此特意告知你们，想必你们不会感到奇怪。除了谋反之事，朕对你们的信任如白日般明朗。”李冲、于烈都上奏表谢恩。
对此，司马光说：授予或削夺爵位俸禄，决定生杀赏罚，这是君主驾驭臣子的重要权柄。因此古代圣王的制度规定，即使是亲属、故旧、贤才、能臣、功臣、贵族、勤吏、宾客，倘若犯了罪，也不会直接赦免，必定要在朝廷上商议，该赦免就赦免，该宽恕就宽恕，该判刑就判刑，该处死就处死。刑罚的轻重根据情节而定，政令的宽严顺应时势。所以君主能够施予恩惠而不丧失威严，臣子能够免于罪责而不敢自恃有功。到了北魏却不是这样，对于功勋显贵的大臣，常常预先许诺他们不死；让他们因此骄横而触犯刑律，之后又顺势将他们诛杀。这是用不讲信用的政令引诱臣子陷入死地啊。刑罚政令的失误，没有比这更严重的了！
当时，代郡的旧贵族大多与穆泰等人勾结谋反，只有于烈一族没有参与其中，孝文帝因此更加器重他。孝文帝考虑到北方酋长以及作为人质的王子们畏惧炎热的天气，便准许他们秋季到洛阳朝见，春季返回部落，当时的人称他们为“雁臣”。
北魏废太子元恂被废后，颇为后悔自己的所作所为。御史中尉李彪秘密上奏表，告发元恂又与身边的人谋划反叛，孝文帝派遣中书侍郎邢峦与咸阳王元禧，奉诏令携带椒酒前往河阳，赐元恂自尽，用粗陋的棺材和普通的衣服收敛他的尸体，埋葬在河阳。
癸未日，北魏大将军、宋明王刘昶在彭城去世，朝廷追赠他九锡之礼，用特殊的礼仪安葬他。
五月，壬戌日，北魏征调冀、定、瀛、相、济五州的兵马二十万，准备入侵南齐。
北魏穆泰谋反时，中书监、魏郡公穆罴与他通谋，大赦之后事情败露，穆罴被削夺官爵，贬为平民。穆罴的弟弟、司空穆亮将府中事务托付给司马慕容契，上奏表弹劾自己，孝文帝下诏优待，不允许他辞职；穆亮坚持请求不已，癸亥日，孝文帝准许穆亮退位。
秋季，七月，甲午日，北魏册立昭仪冯氏为皇后。皇后想要以母亲的身份抚养太子元恪；元恪的母亲高氏从代郡前往洛阳，在共县突然去世。
八月，齐明帝追尊景皇（父亲萧道生）的生母王氏为恭太后。甲戌日，北魏在华林园举行军事演习；庚辰日，大军从洛阳出发。孝文帝任命吏部尚书任城王元澄留守洛阳；让御史中丞李彪兼任度支尚书，与仆射李冲共同主持留守朝廷的事务。授予彭城王元勰代理中军大将军之职，元勰推辞说：“亲疏之人一并任用，是古代的治国之道。臣是什么人，能屡次受到这样的恩宠任命！从前陈思王曹植请求任用却未获准许，愚臣没有请求却得到任命，命运的穷通相差多么遥远啊！”孝文帝大笑，握住元勰的手说：“曹魏的二曹（曹丕、曹植）因才能名声相互猜忌，我与你因道德品行彼此亲近。”
齐明帝派遣军主、直阁将军胡松协助北襄城太守成公期驻守赭阳，派遣军主鲍举协助西汝南、北义阳二郡太守黄瑶起驻守舞阴。
北魏任命氐族首领杨灵珍为南梁州刺史。杨灵珍率领全州投降南齐，将母亲和儿子送到南郑作为人质，派遣弟弟婆罗阿卜珍率领步兵、骑兵一万余人袭击北魏武兴王杨集始，杀死杨集始的两个弟弟杨集同、杨集众；杨集始处境困窘危急，请求投降北魏。九月，丁酉日，孝文帝任命河南尹李崇为都督陇右诸军事，率领数万兵力讨伐杨灵珍。
起初，北魏迁都洛阳时，荆州刺史薛真度劝说孝文帝先攻取樊城、邓州。薛真度领兵入侵南阳，被太守房伯玉击败。孝文帝大怒，认为南阳只是个小郡，却立志一定要消灭它，于是领兵向襄阳进发；彭城王元勰等三十六路大军前后相继，兵力号称百万，行军时的呼号声震动大地。辛丑日，孝文帝留下众将攻打赭阳，亲自领兵南下；癸卯日，抵达宛城，连夜袭击外城，将其攻克。房伯玉据守内城抵抗。孝文帝派遣中书舍人孙延景对房伯玉说：“我如今要统一天下，不像以往那样冬来春去。不攻克此地，终究不会北返。你这座城池正挡在我的进军之路前，不可能不先攻取；长远来看不过一年，短期只需一个月。封侯受赏或是身首异处，全在你一念之间，应当好好谋划！况且你有三条罪状，现在让你知晓：你当初侍奉武帝（萧赜），受到非同寻常的宠信，却不能尽忠效死，反而向他的仇敌（齐明帝）屈膝，这是第一条罪状；近年薛真度前来，你打伤我的偏师，这是第二条罪状；如今我御驾亲征，你却不束手就擒，这是第三条罪状。”房伯玉派遣军副乐稚柔回应说：“承蒙你要率军围攻，扬言必定攻克。我本是卑微常人，能抵抗大国的威严，真可以说是死得其所！外臣承蒙武帝提拔，怎敢忘记恩德！但继位的君主（郁林王）丧失德行，当今皇上（齐明帝）光大继承大宗，不仅顺应了亿万百姓的深切期望，也秉承了武皇的遗愿；因此我竭尽微薄之力坚守节操，不敢有所违背。以往北魏军队深入我国境内，侵扰边境百姓，我便激励将士们坚守职责。反躬自省，不应受到指责。”
宛城东南角的护城河上有一座桥，孝文帝领兵从桥上通过。房伯玉派遣数名勇士，身穿五彩斑纹的衣服，头戴虎头帽，埋伏在桥洞下，突然冲出袭击，孝文帝的人马都受惊骚动；孝文帝召来擅长射箭的原灵度射击，勇士应声倒地而死，孝文帝才得以脱险。
李崇劈山开路，兵分几路，出其不意地对氐族军队发起进攻，内外夹击；氐族各部纷纷抛弃杨灵珍四散逃回。杨灵珍的兵力损失过半，李崇进军占据赤土。杨灵珍派遣堂弟杨建率领五千人驻守龙门，自己率领一万精锐勇士驻守鹫硖；在龙门以北数十里的范围内，砍伐树木堵塞道路；在鹫硖的山口，堆积粗大的木头和滚石，凭靠悬崖向下投放，以抵御北魏军队。李崇命令统军慕容拒率领五千人从其他道路连夜袭击龙门，将其攻破。李崇亲自攻打鹫硖，杨灵珍接连战败逃走；李崇俘获了他的妻子儿女，于是攻克武兴。南齐梁州刺史阴广宗、参军郑猷等人领兵援救杨灵珍；李崇迎击，大败南齐军队，斩杀杨婆罗阿卜珍，生擒郑猷等人；杨灵珍逃回汉中。孝文帝得知后，高兴地说：“让我没有西顾之忧的人，就是李崇啊。”任命李崇为都督梁、秦二州诸军事、梁州刺史，安抚招集当地百姓。
丁未日，孝文帝从南阳出发，留下太尉咸阳王元禧等人继续攻打宛城。己酉日，孝文帝抵达新野，新野太守刘思忌据城抵抗。冬季，十月，丁巳日，北魏军队攻打新野，未能攻克，于是修筑长墙包围城池，派人对城中喊话：“房伯玉已经投降，你为何还要独自顽抗，招致粉身碎骨！”刘思忌派人回应说：“城中的兵力和粮食还很充足，没空听你们这些小贼的废话！”北魏右军府长史韩显宗率领另一支部队驻守赭阳，成公期派遣胡松率领蛮族军队攻打他的营寨，韩显宗奋力作战，击败南齐军队，斩杀副将高法援。韩显宗抵达新野，孝文帝对他说：“你击败敌军、斩杀将领，极大地增强了我军的气势。我正在攻打坚固的城池，你为何不发布捷报？”韩显宗回应说：“近来听闻镇南将军王肃俘获了两三名敌军、几匹驴马，都要发布捷报；我在东观任职时，私下常常嘲笑这种做法。近来虽然仰仗陛下的神威，击溃了丑恶的敌寇，但我兵力薄弱，擒获斩杀的敌军并不多。如果再大肆张扬，虚夸战功，效仿那些不该效仿的行为，我的罪过就更大了。我之所以不敢这样做，只是向陛下禀明战况罢了。”孝文帝更加赏识他的贤德。
齐明帝下诏命令徐州刺史裴叔业领兵援救雍州。裴叔业上奏说：“北方人不乐意远征，只喜欢抢劫掠夺。如果入侵北魏边境，那么侵犯司州、雍州的北魏军队自然会分兵救援。”齐明帝采纳了他的建议。裴叔业领兵攻打虹城，俘获男女四千余人。
甲戌日，齐明帝派遣太子中庶子萧衍、右军司马张稷援救雍州。十一月，甲午日，前军将军韩秀方等十五名将领向北魏投降。丁酉日，北魏军队在沔水北岸击败南齐军队，将军王伏保等人被北魏俘获。
新野人张?率领一万多户人家占据营栅抵抗北魏军队。十二月，庚申日，北魏军队攻克营栅。雍州刺史曹虎与房伯玉不和，因此救援行动迟缓，驻军在樊城。
丁丑日，齐明帝下诏派遣度支尚书崔慧景援救雍州，授予崔慧景符节，率领两万兵力、一千名骑兵前往襄阳，雍州的各路军队都受他调度指挥。
南齐将军王昙纷率领一万多人攻打北魏南青州的黄郭戍，北魏戍主崔僧渊击败南齐军队，王昙纷的全军覆没。将军鲁康祚、赵公政率领一万人入侵北魏太仓口，北魏豫州刺史王肃派遣长史、清河人傅永率领三千名披甲士兵迎击。鲁康祚等人驻军在淮水南岸，傅永驻军在淮水北岸，两军相距十余里。傅永说：“南方人喜欢夜间袭击营寨，必定会在渡淮水的地方设置火把标记水浅之处。”于是连夜将士兵分成两部，埋伏在营寨外；又用葫芦装满火种，秘密派人渡过淮水南岸，在水深的地方放置，并告诫说：“看到火把燃起，就立即点燃我们放置的火种。”当晚，鲁康祚等人果然领兵袭击傅永的营寨；北魏提前埋伏的士兵突然出现，两面夹击，大败南齐军队。鲁康祚等人逃向淮水，这时各处火把竞相燃起，他们无法分辨水深水浅的标记，溺水而死和被斩首的有数千人，赵公政被生擒，傅永还缴获了鲁康祚的尸体返回。南齐豫州刺史裴叔业入侵北魏楚王戍，王肃再次命令傅永迎击。傅永率领一名心腹疾驰前往楚王戍，下令填平城外的壕沟，连夜在城外埋伏一千名战士。黎明时分，裴叔业等人抵达城东，部署兵力准备修筑长墙包围城池。傅永的伏兵袭击他们的后军，将其击败。裴叔业留下将领辅佐守卫营寨，亲自率领数千名精锐士兵前往救援。傅永登上城楼，望见裴叔业向南行进了数里，便打开城门奋勇出击，大败裴叔业的军队，缴获裴叔业的伞扇、鼓幕、铠甲兵器一万多件。裴叔业进退失据，于是逃走。傅永身边的人想要追击，傅永说：“我的兵力不足三千，他们的精锐部队依然强盛，并非因战力耗尽而失败，只是中了我的计策罢了。他们已经无法揣测我的虚实，这足以让他们丧胆。俘获这些物资已经足够，何必再追击呢！”孝文帝派遣谒者前往军中任命傅永为安远将军、汝南太守，封贝丘县男。傅永勇猛有力，喜爱读书，擅长写文章。孝文帝常常感叹说：“上马能击退敌人，下马能撰写捷报，只有傅修期（傅永字修期）能做到啊！”
曲江公萧遥欣喜好军事，齐明帝因自己的儿子们还年幼，在内亲中依靠萧遥欣兄弟，在外亲中倚重皇后的弟弟、西中郎长史彭城人刘暄，以及内弟、太子詹事江祏。因此任命始安王萧遥光为扬州刺史，在朝中执掌大权；任命萧遥欣为都督荆、雍等七州诸军事、荆州刺史，镇守西部边境。而萧遥欣在江陵，大量招揽有才能、勇猛的人，极力扩充自己的势力，齐明帝对此十分厌恶。萧遥欣侮辱南郡太守刘季连，刘季连秘密上奏萧遥欣有谋反的迹象；齐明帝于是任命刘季连为益州刺史，让他占据萧遥欣上游的位置来牵制他。刘季连是刘思考的儿子。
这一年，高昌王马儒派遣司马王体玄前往北魏进贡，请求北魏派兵迎接，准备率领全国百姓内迁；孝文帝派遣明威将军韩安保前往迎接，划出伊吾地区五百里土地供马儒的部众居住。马儒派遣左长史顾礼、右长史金城人麹嘉率领一千五百名步兵、骑兵迎接韩安保，但韩安保没有按时抵达；顾礼、麹嘉返回高昌，韩安保也返回伊吾。韩安保派遣下属朝兴安等人出使高昌，马儒再次派遣顾礼率领世子马义舒迎接韩安保，抵达白棘城，此地距离高昌一百六十里。高昌的旧贵族留恋故土，不愿东迁，一同杀死马儒，拥立麹喜为国王，再次向柔然称臣。韩安保独自与顾礼、马义舒返回洛阳。
到了公元498年春季，正月，癸未朔，南齐宣布大赦天下。接着，朝廷加授中军将军徐孝嗣为开府仪同三司，徐孝嗣坚决推辞。
北魏将领李佐攻打新野，丁亥日，攻克城池，活捉太守刘思忌，问道：“如今是否愿意投降？”刘思忌说：“宁做南方的鬼魂，不做北方的臣子！”李佐于是将他杀死。此事震动了沔水北岸各地。戊子日，湖阳戍主蔡道福，辛卯日，赭阳戍主成公期，壬辰日，舞阴戍主黄瑶起、南乡太守席谦，相继向南逃跑。黄瑶起被北魏军队俘获，孝文帝将他赏赐给王肃，王肃把他切成小块煮熟吃了。乙巳日，南齐明帝命令太尉陈显达率军援救雍州。
明帝身患疾病，因皇室近亲人少力弱，十分猜忌高帝、武帝的子孙。当时高帝、武帝的子孙还有十位藩王，每逢初一、十五入朝，明帝返回后宫后总会叹息说：“我和司徒（萧子良）的几个儿子都寿命不长，高帝、武帝的子孙却一天天长大！”明帝想要将高帝、武帝的宗族全部铲除，便用隐晦的言辞询问陈显达，陈显达回答说：“这些人哪里值得忧虑！”又询问扬州刺史始安王萧遥光，萧遥光认为应当逐步实施屠杀计划。萧遥光患有脚病，明帝常常让他乘车从望贤门入宫。每次他与明帝屏退旁人长时间交谈后，明帝都会索要香火，呜咽流泪，第二天必定会有人被诛杀。恰逢明帝病情突然加重，气绝后又苏醒过来，萧遥光于是施行铲除计划。丁未日，明帝下令杀死河东王萧铉、临贺王萧子岳、西阳王萧子文、永阳王萧子峻、南康王萧子琳、衡阳王萧子珉、湘东王萧子建、南郡王萧子夏、桂阳王萧昭粲、巴陵王萧昭秀，至此太祖（高帝）、世祖（武帝）以及世宗（文惠太子萧长懋）的子孙全部被诛杀殆尽。萧铉等人死后，明帝才让公卿大臣上奏弹劾他们的罪状，请求诛杀，明帝下诏不准；大臣们再次上奏，然后才批准。南康王的侍读、济阳人江泌为萧子琳痛哭，眼泪流干后，接着流出鲜血；他亲自护送萧子琳的灵柩安葬完毕，才离去。
二月，癸丑日，南齐明帝下诏命令左卫将军萧惠休等人援救寿阳。甲子日，北魏军队攻克宛城的北城，房伯玉反绑双手出城投降。房伯玉的堂弟房思安担任北魏的中统军，多次为房伯玉哭着求情，孝文帝才赦免了他。庚午日，孝文帝前往新野。辛巳日，北魏任命彭城王元勰为使持节、都督南征诸军事、中军大将军、开府仪同三司。三月，壬午朔，崔慧景、萧衍在邓城大败。当时崔慧景抵达襄阳时，沔水北岸的五郡已经沦陷，崔慧景与萧衍以及军主刘山阳、傅法宪等人率领五千余人进军邓城，北魏数万骑兵突然赶到，各路军队登上城楼据守。当时将士们早晨没吃饱就仓促行军，都面带饥饿恐惧的神色。萧衍想要出战，崔慧景说：“敌军不会夜间围攻城池，等到天黑自然会离去。”不久北魏军队越来越多。崔慧景从南门率领军队逃走，其他各路军队不知情，也相继溃散。北魏军队从北门入城，刘山阳与部下数百人断后死战，一边作战一边撤退。崔慧景的军队经过闹沟时，士兵相互踩踏，桥梁都被压断。北魏军队在道路两侧射箭，杀死傅法宪，士兵坠入沟中死亡的不计其数，刘山阳取下士兵的铠甲兵器填满沟壑，踩着过去，才得以幸免。孝文帝率领大军追击，傍晚时分抵达沔水岸边。刘山阳据守城池苦战，直到天黑，北魏军队才撤退。各路军队十分恐惧，当天夜里，都乘船返回襄阳。
庚寅日，孝文帝率领十万大军，仪仗盛大，旌旗华盖簇拥，包围樊城，曹虎紧闭城门据守。孝文帝亲临沔水岸边，眺望襄阳城，随后离去，前往湖阳。
北魏镇南将军王肃攻打义阳，裴叔业率领五万兵力包围涡阳，以救援义阳。北魏南兖州刺史、济北人孟表驻守涡阳，粮食耗尽后，只能吃草木的皮叶。裴叔业将斩杀的北魏士兵的尸体堆积起来，高达五丈，以此向城内示威；另外派遣军主萧璝等人攻打龙亢，北魏广陵王元羽率军救援。裴叔业领兵迎击元羽，大败北魏军队，追击并缴获了元羽的符节。孝文帝派遣安远将军傅永、征虏将军刘藻、代理辅国将军高聪等人援救涡阳，都受王肃调度。裴叔业迎击，大败北魏援军，高聪逃奔悬瓠，傅永收拢溃散的士兵缓慢退回。裴叔业再次出战，共斩杀北魏士兵一万余人，俘虏三千余人，缴获的器械、牲畜、财物数以千万计。孝文帝下令将三位将领锁拿至悬瓠。刘藻、高聪被免去死罪，流放到平州；傅永被削夺官爵；王肃被降为平南将军。王肃上奏请求再次派遣军队救援涡阳，孝文帝回复说：“看你的意思，必定是因为刘藻等人刚刚战败，所以难以再次进军。我如今少分兵力则不足以制服敌军，多分兵力则京城的禁卫部队会出现空缺，你仔细谋划吧。义阳能守住就守住，不能守住就放弃；如果丢失涡阳，就是你的过错。”王肃于是解除对义阳的包围，与统军杨大眼、奚康生等人率领步兵、骑兵十余万援救涡阳。裴叔业见北魏军队兵力强盛，连夜率领军队撤退；第二天，士兵溃散奔逃，北魏军队追击，杀伤的南齐士兵不计其数。裴叔业返回并据守涡口。
起初，北魏中尉李彪，出身孤寒微贱，朝中没有亲戚援助；最初游历代都时，因清渊文穆公李冲喜爱贤才，便倾心依附于他。李冲也看重他的才华学识，对他礼遇优厚，将他推荐给孝文帝，并且在朝中为他宣扬声誉，无论公事私事都极力引荐。等到李彪担任中尉后，弹劾官员不避皇亲国戚，孝文帝认为他贤明，将他比作汉代的汲黯。李彪自认为得到君主的赏识，因此不再依赖李冲，开始渐渐疏远他，只是在公共场合整理衣袖表示礼貌而已，不再有敬重的意思，李冲心中逐渐怨恨他。
等到孝文帝南下征伐，李彪与李冲以及任城王元澄共同掌管留守事务。李彪性格刚愎豪放，意见常常与他人相悖，多次与李冲发生争执，而且声色俱厉；自认为身为执法官员，无人能弹劾自己，处理事务大多独断专行。李冲忍无可忍，于是搜集李彪以往的过失罪恶，将他囚禁在尚书省，上奏弹劾李彪“傲慢无礼，肆意逾越法度，在宫中乘坐马车，私自取用官府木材，擅自乘坐皇帝专用的黄色车驾，毫无畏惧。臣已召集尚书以下、令史以上官员在尚书省大堂，将李彪的罪状告知他，审问虚实，李彪全部认罪。请求根据所查事实免去李彪的官职，交付廷尉治罪。”李冲又上奏说：“臣与李彪相识以来，已有近二十年。起初见他才华出众、学识渊博，议论刚正不阿，愚臣确实认为他是出类拔萃、公正清廉之人。后来逐渐发现他为人严酷急躁，但仍认为益处多于损害。自从陛下南下以来，李彪兼任尚书，日夜共事，才知道他专横跋扈、肆无忌惮，抬高自己、轻视他人；听他的言辞如同古代忠诚宽厚的贤才，考察他的行为实为天下奸佞残暴之徒。臣与任城王卑躬屈膝、委屈自己，如同温顺的弟弟侍奉凶暴的兄长，他所想要的，即使不合情理，也无不顺从。依据事实核查，都有确凿证据。如果臣所列罪状属实，应当将李彪处死在北方荒野，以清除扰乱朝政的奸贼；如果臣的弹劾没有证据，应当将臣流放到四方边远之地，以平息谗言诬告。”李冲亲手撰写奏表，家人都不知情。
孝文帝阅览奏表后，叹息惆怅许久，说：“没想到留守朝廷竟然发生这样的事！”接着又说：“李彪可以说是骄傲过分了，但仆射（李冲）也有些意气用事。”黄门侍郎宋弁一向怨恨李冲，而与李彪是同州老乡，关系友好，暗中为李彪周旋。有关部门判处李彪死刑，孝文帝宽恕了他，只是将他除名为民。
李冲向来性情温和宽厚，但在逮捕李彪时，亲自列举李彪前后的过失，怒目圆睁、大声呵斥，摔砸桌案，御史们都趴在地上，反绑双手请罪。李冲肆意辱骂李彪，随后突发狂病，神情恍惚，言语错乱，时常扼腕大骂，呼喊“李彪小人”，医药都无法医治，有人认为是肝气破裂，十几天后便去世了。孝文帝为他痛哭，悲伤不已，追赠他为司空。
李冲勤勉机敏、精力充沛，长期担任重要繁忙的职务，公文案卷堆积如山，他整日处理事务，从未厌倦，政绩卓着，年仅四十岁头发就变白了。他有兄弟六人，出自四位母亲，少年时常常发生争执。等到李冲显贵后，将自己的俸禄赏赐都与兄弟们共享，彼此变得和睦融洽。然而他常常引荐同族姻亲，私下授予官职爵位，全家每年的俸禄超过一万匹绢帛，当时的人因此轻视他。
孝文帝任命彭城王元勰为宗师，下诏让他监督考察皇室宗室，有不遵从教化的人就上报。
夏季，四月，甲寅日（初三），南齐改年号为永泰。
大司马、会稽太守王敬则，自认为是高帝、武帝时期的旧将，必定不能自安。明帝虽然表面上对他礼遇优厚，但内心却猜忌防备，多次派人询问王敬则的饮食情况和身体状况。得知他年老体衰，且居住在京城内地，才稍微放宽了心。两年前，明帝派遣领军将军萧坦之率领五百名宫中卫士前往武进陵，王敬则的儿子们都在京城，担忧恐惧却无计可施。明帝得知后，派遣王敬则的长子王仲雄入宫安慰他们。
王仲雄擅长弹琴，明帝将蔡邕的焦尾琴借给他。王仲雄在皇帝面前弹奏《懊憹歌》，唱道：“常叹负情侬，郎今果行许。”（常抱怨你是负心人，如今果然如你所愿。）又唱道：“君行不净心，那得晋人题！”（你行事心怀不轨，怎能得到晋人的题咏！）明帝听后更加猜忌惭愧。
明帝的病情多次危重，于是任命光禄大夫张瑰为平东将军、吴郡太守，配置兵力和辅佐官员，以秘密防备王敬则。朝廷内外传言，将会有异常的人事变动。王敬则听到后，私下说：“东边如今有谁，只是要算计我罢了；东边又岂是容易算计的！我终究不会接受金罂！”金罂，指的是毒酒。
王敬则的女儿是徐州行事谢朓的妻子，王敬则的儿子、太子洗马王幼隆派遣正员将军徐岳把谋反的打算告知谢朓，说：“如果计划一致，就前往报告王敬则。”谢朓逮捕了徐岳，派人骑马迅速上奏朝廷。王敬则的城局参军徐庶，家在京口，他的儿子秘密把消息告诉了徐庶，徐庶又告知了王敬则的五官掾王公林。王公林是王敬则的同族侄子，向来受到信任重用。王公林劝说王敬则立即上奏朝廷，主动请求赐儿子死罪，然后独自乘船连夜返回京城。王敬则让司马张思祖起草奏表，不久又说：“如果这样做，我的几个儿子在京城，按理说应该有消息传来，暂且忍耐一夜再说。”
当天夜里，王敬则召集手下文武官员玩樗蒲游戏，对众人说：“你们各位想让我采取什么计策？”没人敢先回答。防阁丁兴怀说：“大人您只能起兵谋反了！”王敬则没有回应。第二天清晨，王敬则召见山阴县令王询、台传御史钟离祖愿，他横刀叉腿而坐，询问王询等人：“征发壮丁能得到多少人？府库中现在有多少钱财物资？”王询说“县里的壮丁仓促之间无法召集”；钟离祖愿说“府库中的物资大多还没上缴入库”。王敬则大怒，准备把他们拉出去斩首，王公林又劝谏说：“任何事情都可以后悔，唯独谋反这件事不能后悔；大人您难道不再考虑考虑！”王敬则朝他脸上吐口水，说：“我做事，跟你这小子有什么关系！”丁卯日，王敬则起兵反叛，召集部众，发放武器铠甲，两三天内就出发了。
前中书令何胤，辞官后隐居在若邪山，王敬则想劫持他担任尚书令。长史王弄璋等人劝谏说：“何令志趣高洁，必定不会顺从；如果不顺从，就应该杀死他。举大事之前先杀害有名望的贤才，事情必定不会成功。”王敬则这才作罢。何胤是何尚之的孙子。
庚午日，北魏征调各州郡的兵力二十万人，约定八月中旬在悬瓠集结。
北魏赵郡灵王元干去世。
齐明帝得知王敬则反叛，立即下诏逮捕了王幼隆以及他的哥哥、员外郎王世雄、记室参军王季哲、弟弟太子舍人王少安等人，将他们全部处死。王敬则的长子、黄门郎王元迁率领一千人在徐州攻打北魏，明帝下令徐州刺史徐玄庆杀死他。前吴郡太守、南康侯萧子恪，是萧嶷的儿子，王敬则起兵时，以拥戴萧子恪为名；萧子恪逃走，不知去向。始安王萧遥光劝说明帝把高帝、武帝的子孙全部诛杀，于是明帝将所有王侯召入宫中。晋安王萧宝义、江陵公萧宝览等人被安置在中书省，高帝、武帝的孙子们被安置在西省，明帝下令每人只能跟随两名随从，超过规定人数就按军法处置；年幼的王侯与乳母一同入宫。当天夜里，明帝命令太医煮了两斛椒酒，都水官准备了几十具棺材，约定三更时分，将他们全部杀死。萧子恪光着脚亲自返回宫中，二更时分抵达建阳门，递上紧急奏表。此时约定的时刻已到，但明帝却睡着了没有醒来，中书舍人沈徽孚与明帝亲近的侍从单景隽共同谋划，暂且延缓这件事。不久，明帝醒来，单景隽上奏说萧子恪已经到了。明帝惊讶地问：“还没杀吗？还没杀吗？”单景隽详细禀报了情况。明帝拍着床说：“萧遥光差点误了大事！”于是赏赐王侯们饮食，第二天，把他们全部送回府第。任命萧子恪为太子中庶子。萧宝览是萧缅的儿子。
王敬则率领一万名全副武装的士兵渡过浙江。张瑰派遣三千士兵在松江抵御王敬则，士兵们听到王敬则军队的鼓声，一下子就溃散逃走了，张瑰放弃郡城，逃到民间躲藏起来。王敬则凭借旧将的身份起兵，百姓们扛着竹篙、拿着铁锹，跟随他的人有十余万；抵达晋陵时，南沙人范修化杀死县令公上延孙，响应王敬则。王敬则抵达武进陵口，痛哭着渡过。乌程人丘仲孚担任曲阿县令，王敬则的前锋突然赶到，丘仲孚对官吏百姓说：“叛贼虽然乘胜而来，气势锐利，但都是乌合之众，容易离散。现在如果收缴船舰，凿开长冈埭，放干沟渠里的水来阻断他们的去路，能滞留他们几天，朝廷的军队必定会赶到，这样一来，大事就可以成功了。”王敬则的军队赶到时，恰逢沟渠干涸，果然滞留无法前进。
五月，壬午日，明帝下诏命令前军司马左兴盛、后军将军崔恭祖、辅国将军刘山阳、龙骧将军、马军主胡松在曲阿长冈修筑营垒；任命右仆射沈文季为持节都督，驻守湖头，防备京口方向的道路。崔恭祖是崔慧景的宗族子弟。王敬则猛攻左兴盛、刘山阳两座营垒，朝廷军队抵挡不住，想要撤退，但包围圈打不开，只能拼死作战。胡松率领骑兵从背后突袭，王敬则手下的平民士兵没有武器，都惊慌溃散。王敬则的军队大败，他想找马再次进攻，却找不到，崔恭祖将他刺倒在地，左兴盛军中的门客袁文旷砍下了他的首级。乙酉日，王敬则的首级被传送到建康。当时明帝的病情已经十分严重，王敬则仓促在东边起兵，朝廷上下震动恐惧。太子萧宝卷让人爬上屋顶，望见征虏亭失火，以为王敬则的军队到了，便急忙收拾行装想要逃走。王敬则听说后，高兴地说：“檀公三十六策，走为上策，想来你们父子也只能逃跑了！”这是当时人们讥讽檀道济躲避北魏军队的话。王敬则起兵时，声势十分浩大，却仅过了几天就失败了。
朝廷军队讨伐王敬则的党羽，晋陵百姓因依附王敬则而应被处死的人很多。太守王瞻上奏说：“愚昧的百姓容易被煽动，不值得用严厉的刑法穷追不舍。”明帝批准了他的请求，因此得以保全性命的人有上万。王瞻是王弘之的曾孙。
明帝奖赏谢朓的功劳，升任他为尚书吏部郎。谢朓上奏表三次推辞，明帝没有同意。中书省的官员疑惑谢朓的官职还没到可以推辞的级别，国子祭酒沈约说：“近代以来，小官推辞的情况很少，于是形成了惯例。谢吏部这次被破格提拔，他的推辞另有深意。推辞体现的是人情世故，与官职大小有什么关系呢！”谢朓的妻子常常怀揣刀子想杀死谢朓，谢朓不敢与她相见。
秋季，七月，北魏彭城王元勰上奏，请求把自己一年的封国赋税、官职俸禄和亲信的抚恤费用，全部捐献出来补充军国开支。孝文帝下诏说：“割舍自身利益保全国家，道理深远。官职俸禄就停止捐献吧，封国赋税和亲信抚恤费用准许捐献三分之一。”壬午日，孝文帝又下诏削减皇后私人府库的一半财物，六宫妃嫔、五服以内的皇室亲属的供给抚恤也减半，在军队服役的人员削减三分之一，用节省下来的财物供给军队赏赐。
癸卯日，齐明帝任命太子中庶子萧衍为雍州刺史。
己酉日，齐明帝在正福殿去世。遗诏说：“徐孝嗣可以重申之前的任命（开府仪同三司）。沈文季可任左仆射，江祏可任右仆射，江祀可任侍中，刘暄可任卫尉。军政事务可以委托给太尉陈显达；朝廷内外各种事务，无论大小，都委托给徐孝嗣、萧遥光、萧坦之、江祏，重大事务与沈文季、江祀、刘暄共同商议。心腹重任可以委托给刘悛、萧惠休、崔慧景。”
明帝性格猜忌多疑，很少外出，最终也没有举行过郊祭上天的仪式。他又深信巫师，每次外出前都要先占卜吉凶。想往东去却声称往西，想往南去却声称往北。起初生病时，他把消息隐瞒得很严密，仍然照常处理政务。过了很久，他下令在台省的文书档案中寻找白鱼来做药，外面的人才知道他生病了。
太子萧宝卷即位。
八月，辛亥日，北魏太子元恪从洛阳前往悬瓠朝见孝文帝。
壬子日，南齐奉朝请邓学率领齐兴郡投降北魏。
孝文帝入侵南齐时，派遣使者征调高车部落的军队。高车人畏惧远征，拥戴袁纥树者为首领，一同向北反叛。孝文帝派遣征北将军宇文福讨伐，宇文福大败而回，因此被罢官。孝文帝又任命平北将军、江阳王元继为都督北讨诸军事，率军讨伐高车，从怀朔以东的地区都受他调度指挥，同时代理镇守平城。元继是元熙的曾孙。
八月，南齐将明皇帝（明帝）安葬在兴安陵，庙号高宗。东昏侯萧宝卷厌恶明帝的灵柩停放在太极殿，想尽快下葬。徐孝嗣坚决反对，才得以延缓一个多月。东昏侯每次哭丧时，都说喉咙痛。太中大夫羊阐入宫哭吊，他没有头发，痛哭时身体俯仰晃动，头巾掉落在地上。东昏侯停止哭泣，大声大笑，对身边的人说：“秃鹫哭来了！”
九月，己亥日，孝文帝得知南齐高宗去世的消息，下诏称“按礼制不应讨伐有丧事的国家”，于是率军返回。庚子日，孝文帝下诏北伐高车。
孝文帝病重，十天都没有接见侍从大臣，身边只有彭城王元勰等几个人。元勰在内亲自照料医药，在外总管军国事务，朝廷内外秩序井然，没有人有异议。右军将军、丹阳人徐謇擅长医术，当时在洛阳，孝文帝紧急召见他。徐謇抵达后，元勰哭着握住他的手说：“您如果能治好皇上的病，必定会得到意外的赏赐；如果不能，就会有不可预测的诛杀。这不仅关系到你的荣辱，还关系到国家的存亡。”元勰又秘密在汝水岸边筑起祭坛，依照周公的旧例，祭祀天地和显祖，请求用自己的生命代替孝文帝。孝文帝的病情有所好转，丙午日，从悬瓠出发，驻扎在汝水岸边，召集文武百官，让徐謇坐在上座，称赞他的功劳，任命他为鸿胪卿，封金乡县伯，赏赐一万缗钱；各位藩王另外赠送的财物，每人不少于一千匹绢帛。
冬季，十一月，辛巳日，孝文帝前往邺城。北魏江阳王元继上奏说：“高车人愚昧顽固，为逃避劳役而反叛，如果把他们全部追捕诛杀，恐怕会引发更大的骚乱。请求派遣使者，到各个镇分别核查，斩杀为首的一人，其余的人加以安抚。如果有人后悔醒悟愿意服役，就立即让他们赶赴军队。”孝文帝下诏批准了他的请求。于是反叛的高车人大多主动归附。元继先派人安抚劝说袁纥树者，袁纥树者逃入柔然，不久又后悔了，率领部众出来投降。孝文帝称赞元继说：“江阳王可以担当大任。”十二月，甲寅日，孝文帝从邺城班师回朝。
林邑王范诸农入朝觐见南齐，在海上遇到大风，溺水而死，南齐任命他的儿子范文款为林邑王。