日本，米花町。晨光透过毛利侦探事务所二楼有些灰尘的窗户，在空气中投射出朦胧的光柱。
江户川柯南——这个崭新的名字下，囚禁着曾经名为工藤新一的灵魂——已经在事务所那略显杂乱的环境中勉强安顿下来。最初的几天，如同身处一场无法醒来的噩梦。每一次在浴室镜中看到那张稚嫩陌生的脸，每一次费力地踮起脚尖去够门把手，每一次听到小兰用对待孩童的温柔语气对他说话，都像是一根根冰冷的针，刺穿着他作为工藤新一的认知。巨大的心理创伤和身体上的异样感，让他度过了几个浑浑噩噩、几乎无法思考的白昼与黑夜。
然而，刻在骨子里的坚韧意志和那份对追寻真相近乎本能的渴望，如同黑暗中不肯熄灭的火焰，顽强地燃烧着，逼迫他必须从这巨大的打击中挣扎出来。他不能永远沉溺在悲伤、愤怒和自我怜悯之中。时间不等人，那个黑暗的组织不会因为他的不幸而停下脚步。
他必须尽快适应“江户川柯南”这个全新的、带着伪装的身份。这不仅仅是为了生存，更是为了利用这个看似无害的外壳作为掩护，一方面在暗中调查那个给予他这一切的组织，摸清他们的底细，寻找解药和复仇的机会；另一方面，他也需要继续行走在追求真相的道路上。这不仅是为了保持他作为侦探的敏锐和状态，也是为了用日常的案件来麻痹可能存在的监视，更是为了不让自己在漫长而危险的潜伏等待中，被绝望和无力感彻底吞噬，最终崩溃。
就在他努力调整心态，学习如何像一个真正的一年级小学生那样走路、说话、表现时，一个机会悄然降临。
毛利小五郎接到了一位悲痛欲绝的老妇人的委托。她的儿子，一家中型企业的普通职员，被发现在自家租住的公寓内猝死。警方接到报案后进行了初步勘察，鉴于死者生前有轻微心脏病史，且现场没有明显打斗痕迹和外伤，初步认定为因工作压力过大导致的突发性心脏疾病死亡。然而，死者的母亲坚称儿子身体健康，近期并无异常，对警方的结论心存疑虑，于是辗转找到了“名声在外”的毛利小五郎。
“肯定是工作太拼命了嘛！现在的年轻人啊，真是不懂得爱惜身体！”毛利小五郎一边打着哈欠，一边套上他那件皱巴巴的西装外套，语气轻松地下了定论，仿佛这只是一次寻常的走访。
柯南默默地跟在他和毛利兰的身后，小小的身影几乎被忽略。他背着一个与他体型相称的小书包，里面装着阿笠博士给他准备的一些“小工具”，以及他此刻全部的警觉。
案发现场是位于米花町五丁目的一栋普通公寓楼内。死者的房间收拾得还算整洁，但空气中弥漫着一种沉闷的、属于死亡的气息。目暮警官已经带着几名警员在现场进行收尾工作。死者——一位名叫中村弘树的年轻男性，静静地躺在客厅的地板上，身上盖着白布。
毛利小五郎像模像样地环顾了一圈，目光扫过简单的家具、摆放整齐的书架，以及书桌上那个喝了一半的咖啡杯，然后便煞有介事地抱着手臂，重复着他那套“过度劳累猝死论”，引得陪同前来的死者母亲再次低声啜泣起来。
柯南却没有理会大人们的对话和情绪。他悄悄地、不动声色地移动着，那双隐藏在宽大眼镜片后的蓝色眼眸，如同最精密的扫描仪，开始以一种全新的、低矮的视角，仔细审视着这个死亡空间。
视角的变化带来了意想不到的发现。成年人或许会忽略的细节，在他此刻的视野中却格外清晰。
他首先注意到的是书桌上那个白色的陶瓷咖啡杯。杯子摆放的位置似乎有极其细微的、不自然的偏移，与桌面上隐约的圆形水渍痕迹不完全重合。这说明杯子可能在死者倒地后被什么人移动过。
他的目光接着落到了书桌旁的垃圾桶。里面有一些废纸和果皮。其中，一张被用力揉皱的黄色便签纸引起了他的注意。纸团展开的形态有些奇怪，像是被人匆忙塞入，又试图掩盖。他趁人不备，用小手指悄悄将纸团勾了出来，快速展开一角瞥了一眼——上面用潦草的笔迹画着几个奇怪的符号，像是一种简笔画的鸟类，旁边还有一个模糊的数字。
但这还不是关键。当他靠近死者原本倒卧的位置，模拟着可能的情景时，一股极其微弱、几乎被房间本身的异味和残留的咖啡香所掩盖的气味，钻入了他的鼻腔。那是一种淡淡的、带着些许甜腻却又隐含尖锐刺激的苦杏仁味！
“氰化物……”柯南的心中立刻拉响了最高级别的警报！这种独特的气味，他曾在父亲工藤优作的推理小说手稿和相关案例资料中多次读到过描述！这绝非什么自然疾病导致的死亡，这是一场精心伪装的谋杀！
侦探的本能瞬间压倒了对自身处境的忧虑。他必须找出真相！
趁着毛利小五郎正拉着目暮警官，一边吹嘘着自己“一眼就看穿真相”的能耐，一边试图打听附近新开的酒吧信息；而小兰则温柔地搀扶着悲痛的老妇人，低声安慰的间隙，柯南开始行动了。
他小巧的身躯此刻成为了绝佳的优势。他像一只灵巧的猫，悄无声息地在房间里穿梭，避开大人们的视线。
他趴伏在地上，不顾灰尘，将脸颊贴近冰冷的地板，视线投向沙发底部的黑暗空间。果然，在靠里的角落，有一丝微弱的金属反光。他伸出小手，费力地将那个小东西掏了出来——是一枚款式别致、镶嵌着深蓝色珐琅的银质袖扣，看起来价值不菲，且绝不属于死者这种普通职员的消费层次。
他踮起脚尖，仰头观察着书架上那排排列整齐的书籍。大部分书籍都落着薄灰，但其中几本经济学和管理学着作的书脊却相对干净，有近期被频繁抽动的痕迹。他仔细记下了那几本书的书名和位置。
所有的线索——被移动的咖啡杯、奇怪的符号便签、苦杏仁气味、不属于死者的袖扣、被频繁翻阅的特定书籍——如同散落的拼图碎片，在他那被誉为“平成年代福尔摩斯”的大脑中飞速旋转、碰撞、组合、推理。
符号的含义（代表某个地下赌场的暗号）、袖扣的主人（与死者有竞争关系且生活奢侈的同事）、书籍隐藏的信息（死者可能掌握了同事挪用公款的证据）……一条清晰的犯罪链条逐渐浮现出来。真相，如同被拭去迷雾的镜面，变得清晰可见。
然而，一个冰冷的事实将他从推理的世界拉回现实——他现在的身份，是江户川柯南，一个年仅七岁、刚刚寄住到此地的一年级小学生。他该如何将自己得出的、逻辑严密的推理结论，合情合理地传达给在场的目暮警官和其他警员？直接说出来？只会被当作小孩子的胡言乱语，甚至可能引来不必要的关注和怀疑。
他的目光扫过房间，最终落在了正挠着头、一脸百无聊赖的毛利小五郎身上。这个糊涂大叔，或许可以成为一块“招牌”？他又下意识地摸了摸藏在口袋里那个冰冷的、小巧的蝴蝶结变声器。阿笠博士的发明，难道这么快就要派上用场了吗？一个大胆的、或许也是未来漫长潜伏生涯中不得不频繁使用的、带着些许讽刺意味的念头，在他心中悄然萌芽。
但此刻，众目睽睽之下，使用变声器风险太高。他需要一个更自然、更不引人注意的方式来引导调查方向。
他深吸一口气，调整面部表情，努力让自己看起来像一个充满好奇又有点胆怯的孩子。他小步挪到正在指挥警员收队的目暮警官身边，伸出小手，轻轻拉了拉他米黄色风衣的衣角。
“警官叔叔，”他抬起脸，用刻意放软的、天真无邪的童声，指向沙发的方向，“那个沙发下面，好像有亮晶晶的东西哦？是不是叔叔们掉的？”
目暮十三警官愣了一下，低头看着这个不知道从哪里冒出来的小男孩。虽然觉得有些突兀，但出于职业习惯，他还是弯下腰，顺着柯南指的方向，用手电筒照向沙发底部。果然，在光线照射下，那枚深蓝色的袖扣反射出微弱的光芒。
“嗯？真的有什么东西？”目暮警官有些惊讶，示意身边的警员将其取出。
当那枚精致的袖扣被放在证物袋里呈上来时，现场的气氛微微发生了变化。这显然不是死者会使用的饰品。
紧接着，柯南又“不小心”在走过垃圾桶旁边时，脚尖“恰好”踢到了桶身，让里面那个黄色的纸团滚落了出来。他立刻蹲下身，捡起纸团，展开，指着上面那些奇怪的符号，用充满童稚的语气，歪着头“好奇”地问：“警官叔叔，这个画好像小朋友的涂鸦哦？是什么意思呀？”
便签纸上那些原本被忽略的、看似无意义的符号，此刻在发现了可疑袖扣后，立刻引起了目暮警官的高度重视。他接过便签纸，眉头紧锁，迅速让警员拍照并传回总部进行比对分析。
在柯南这番看似“无意”实则精心的引导下，以及关键物证（袖扣和便签）的接连出现，目暮警官和随行的警员们终于摆脱了“意外猝死”的先入为主，开始重新、更加细致地审视整个现场和案件相关人员。
顺着袖扣的购买渠道和便签符号代表的赌场信息这两条线索，警方很快就锁定了重大嫌疑人——死者的同事，一个名叫佐藤健一的男人。在确凿的证据和警方的审讯攻势下，佐藤健一最终心理防线崩溃，承认了因死者发现他挪用公款并欲举报，他便在咖啡中投入氰化物杀人灭口，并伪装成猝死现场的犯罪事实。
案件至此，真相大白。
毛利小五郎在整个过程中，虽然大部分时间处于茫然状态，但在柯南巧妙的语言引导下，他也确实说出了几句诸如“啊！果然如此！”、“我早就怀疑那个家伙了！”之类的话，使得他在事后被不明就里的目暮警官和部分警员认为是“提供了关键思路”。毛利小五郎自己也迷迷糊糊地，似乎觉得自己真的在某个瞬间“灵光一闪”抓住了真相，虽然具体过程记不清了，但并不妨碍他事后摸着后脑勺，发出他那标志性的“哈哈哈哈哈”大笑，享受着死者家属的感激和周围人（有限的）钦佩目光。
小兰则对柯南的“好运气”和“敏锐观察力”赞叹不已，蹲下身轻轻捏了捏他的小脸：“柯南好厉害哦！要不是你发现了袖扣和那张奇怪的纸，案子可能就真的被当成意外了！”她的笑容温暖而真诚，却让柯南心中泛起一阵复杂的酸楚。他只能低下头，用含糊的鼻音回应，掩饰内心的波澜。
只有柯南自己清楚地知道，这一切与运气无关。这是他作为江户川柯南的初战，一次完全隐藏在稚嫩外表和童声伪装下的、孤独而沉默的推理。他像是一个躲在幕后的提线木偶师，小心翼翼地操纵着舞台前的演员（毛利小五郎）和观众的视线（警方），将真相一点点牵引到阳光之下。
他看着真凶佐藤健一被戴上手铐，押上警车，脸上没有任何属于孩童的、看到“坏人被抓”的单纯喜悦。他的眼神平静而深邃，里面只有一种沉甸甸的、混合着使命感与决心的重量。
他知道，从今往后，这将是他寻求正义、追寻真相的主要方式。他必须尽快习惯并精通这种在阴影中操控一切、借他人之口揭示答案的生存和战斗方式。这一切，都是为了那个最终极的目标——找到解药，恢复原本身份，并将那个将他推入如此境地的、庞大的黑暗组织，连根拔起，彻底摧毁。
道路漫长且布满荆棘，但他已踏出了作为江户川柯南的第一步。