潜藏的阻力中，最为顽固、也最具威胁的，是来自那些**旧臣勋贵**的暗中阻挠。这些人，或是跟随始皇帝统一六国的功勋老将之后，或是世代在秦地为官、盘根错节的世家大族，或是因军功、事功获得大量封赏和特权的既得利益集团。新政的推行，在很大程度上触动了他们的根本利益。
首先，停罢大型工程，断了他们一条重要的财路。许多勋贵家族通过承包工程、供应材料、甚至直接役使依附于他们的民夫，从中攮取了巨额利益。如今工程骤停，他们的这条财路便被硬生生切断。
其次，减轻徭役和赋税，削弱了他们对地方的控制力。以往，征发徭役、收取赋税是地方官吏（其中不少与勋贵家族有着千丝万缕联系）鱼肉乡里、中饱私囊的重要手段。如今朝廷严令减轻，并有监察使巡视，使得他们难以再像过去那样为所欲为。
再者，赦免刑徒、复核案件，也触动了一些人的利益。某些勋贵家族倚仗权势，肆意侵占民田，构陷良善，将不服者投入监狱，使其成为自家的奴役。刑徒复核案的推行，使得一些被他们非法拘押的劳力得以释放，这无疑是在虎口夺食。
这些旧臣勋贵，表面上对皇帝的新政表示拥护，至少在公开场合不敢非议。但在私下里，他们的不满与怨怼却在不断积聚。他们不敢直接对抗皇权，便将所有的怨恨都集中到了新政的主要制定者和推行者——丞相李斯的身上。
一场针对李斯的、非正式的“围攻”，在暗中有组织地展开。
**在经济上**，他们利用其庞大的商业网络和资本，开始有意无意地抵制李斯试图推行的一些“开源”措施。例如，当李斯授意少府试探性地提高某些商品的关市税率时，立刻引发了以几家大商行为代表的勋贵家族暗中串联，他们或囤积居奇，或消极交易，导致市场出现短暂混乱，迫使朝廷不得不暂缓增税计划。
**在政治上**，他们利用其门生故吏遍布朝野的优势，在官员升迁考核中，对那些积极推行新政的“李斯党羽”进行排挤和打压。同时，他们不断在宗室和部分老臣中散播李斯“权倾朝野”、“尾大不掉”的言论，试图离间扶苏与李斯的关系。
**在舆论上**，他们资助一些失意的文人，撰写含沙射影的文章，借古讽今，将李斯比作历史上那些架空君主、最终不得善终的权相，如楚国的令尹子常、齐国的田常等。这些文章虽未指名道姓，但在特定的圈子内流传，其指向性不言而喻。
甚至，一些更为激进的勋贵子弟，开始尝试与地方上的六国遗老遗少进行秘密接触。他们未必真想复辟六国，而是企图借助这些潜在的反秦力量，给朝廷制造麻烦，从而证明李斯“与民休息”、“怀柔”政策的“错误”，迫使皇帝改弦更张，回到依靠他们这些勋贵、对外扩张、对内严刑的老路上来。
这些暗中的阻挠，如同附骨之疽，虽不致命，却极大地消耗着李斯的精力，延缓着新政推行的步伐。李斯能够清晰地感受到来自四面八方的压力。他知道，自己与这些盘根错节的旧势力之间，已然形成了一场旷日持久的、没有硝烟的战争。皇帝的信任是他最大的依仗，但仅仅依靠皇帝的信任是不够的，他必须找到契机，给予这些暗中作梗的旧势力一次沉重的打击，才能为新政的进一步深化扫清障碍。然而，对手隐藏极深，动作隐秘，想要抓住其确凿的把柄，并非易事。朝堂之上的平静之下，已是暗潮汹涌。