林凡奉旨回京，于府中“闭门思过”。一时间，林府门前车马稀落，与往日门庭若市形成鲜明对比。朝野上下，目光各异，幸灾乐祸者有之，扼腕叹息者有之，更多则是屏息观望，等待着这场突如其来风波的结果。
府内，气氛却并未如外界想象那般压抑。林凡泰然自若，每日依旧读书、练字，偶尔指点长子林怀瑾（安儿）的功课，过问其于格物院的见闻心得。他深知，此次弹劾，罪名为“荫庇子弟”，看似小事，实则凶险。此举极易引发清流言官对“科举正途”被破坏的共情，更能挑动皇帝对权臣结党营私的忌惮。
“父亲，是孩儿连累了您。”林怀瑾面带愧色，他已得知此事缘由。
林凡放下手中书卷，温和地看着日益沉稳的儿子：“安儿，你何错之有？入格物院学习，是为求知，是为明理，更是为将来报效国家。若因你父是林凡，你便需避嫌，裹足不前，那才是真正的不公，真正的因私废公。”
他语气转为严肃：“记住，我林家儿郎，行事但求问心无愧，仰不愧于天，俯不怍于人。外间风雨，自有为父担当。”
顾莲舟则以其一贯的从容，将府内事务打理得井井有条，隔绝了外界的纷扰，更细心安抚因外界流言而有些困惑的小女儿怀瑜。她深知，此刻的镇定，是对夫君最大的支持。
林凡被黜的消息传到定海湾，宸亲王朱载堃勃然大怒，当即就要上奏力争，甚至欲亲自返京面圣。却被林凡快马传来的密信劝阻。信中，林凡只写了八个字：“稍安勿躁，静待其时。” 宸亲王虽忿忿，却知林凡必有深意，强压怒火，更加紧了对“破浪号”后续测试与新舰建造的督导，决心以更硬的成果为挚友后盾。
青年新政团内部则忧心忡忡。王文轩等人心急如焚，四处奔走，联络志同道合之官员，准备联名上奏为林凡辩白。然而，林凡同样传信告诫他们：“坚守岗位，务实做事，谣言不辩自消。若聚众陈情，反落人口实。”
数日后，皇帝于养心殿单独召见林凡。
殿内烛火摇曳，皇帝面色平静，看不出喜怒，只将那份弹劾奏章掷于林凡面前：“林爱卿，此事，你作何解释？”
林凡躬身拾起奏章，并未翻阅，只是平静道：“陛下，臣子怀瑾，年未弱冠，入格物院，非为官职，仅为旁听学习。格物院章程，本就有‘准予优异学子旁听以广学识’之条。臣以为，鼓励子弟向学，熟悉新政事务，乃是为国储才，并非违制。若因此获罪，臣无话可说，然恐寒了天下向学之心，亦令格物院章程形同虚设。”
他避开了“荫庇”的指控，而是从“鼓励向学”和“遵守章程”的角度切入，将问题提升到了国策与人才培养的高度。
皇帝不语，手指轻轻敲着御案。他何尝不知这是构陷？但朝局平衡至关重要，他需要借此事敲打林凡，也观察各方的反应。
“即便学习，何以入格物院？天下书院众多。”皇帝淡淡追问。
林凡抬头，目光清澈：“陛下，格物院所授，乃经世致用之学，是未来强国之基。臣身为朝廷重臣，总揽自强事务，若自家子弟都不愿、不能学习此等学问，臣又有何颜面要求天下士子投身其中？臣此举，非为私利，实为表明臣对‘格物致知、自强救国’之信念，至死不渝！”
这番话，铿锵有力，掷地有声。既表明了心迹，又将个人行为与国策信念牢牢绑定。
皇帝凝视林凡良久，殿内落针可闻。最终，他缓缓开口，语气莫测：“爱卿之心，朕已知之。然，瓜田李下，不可不避。林怀瑾即日起，退出格物院，闭门读书，准备科举。爱卿……亦当谨言慎行，专心署理公务，自强事务，关乎国运，不可懈怠。”
这便是高高举起，轻轻放下了。既维护了林凡的地位和自强事业，也全了“朝廷法度”的颜面，更将林凡之子重新纳入传统的科举轨道，算是一种平衡。
林凡安然返回府邸，继续处理政务，仿佛一切未曾发生。然而，此事带来的影响却远未消除。
他们虽未扳倒林凡，却成功触碰了他的“逆鳞”（家人），试探出了皇帝对林凡既倚重又忌惮的复杂态度，以及容忍的底线。这为他们未来的攻击，提供了新的思路。
被迫离开格物院，对一心向往新学的林怀瑾是个打击。他变得更加沉默，也更加坚定。“父亲，科举之路，孩儿会走。但格物之学，孩儿绝不会弃。终有一日，我要让所有人知道，科举与格物，皆可报国！”他将对现实的不满，化为了更强大的动力。
此事给林凡敲响了警钟。他意识到，内部的敌人比外部的强敌更防不胜防。他必须加强对家人的保护，同时，也要开始考虑，如何在制度层面，为这些追随自强事业的新生力量，开辟一条不同于传统科举的晋升通道，否则，“荫庇子弟”之类的攻击将永无止境。
夜色中，林凡与顾莲舟在庭院漫步。
“陛下终究还是信重夫君的。”顾莲舟轻声道。
林凡摇了摇头，目光深邃：“陛下信重的，是自强事业能带来的强盛，而非我林凡个人。今日能因安儿之事召我回京，明日便能因其他缘由收回权柄。莲舟，我们脚下的路，看似平坦，实则如履薄冰。”
他停下脚步，望着格物院的方向：“不过，经此一事，我也更加明白。唯有让自强之树根深叶茂，结出无人能否认的硕果，方能真正立于不败之地。安儿的路，不会就此断绝。这旧有的樊笼，终将被打破！”
一场针对家人的风波暂时平息，但林凡深知，这仅仅是暴风雨来临前的间歇。他与旧势力之间围绕权力、道路与意识形态的斗争，已进入更加微妙而凶险的深水区。而他的下一个突破口，或许就在那即将扬帆远航的“破浪号”，以及那批远赴重洋的学子身上。