虫族主力撤退后的第三天，星穹与晶核文明组成的“跨文明联合舰队”正式成立，云航被推举为联合舰队总指挥。根据晶核使者提供的情报，噬星虫族的老巢隐藏在破碎星域的“死寂星云”中——那里曾是晶核文明的发源地，如今被虫族改造成了星核吞噬场，无数恒星残骸在星云内漂浮，成了虫族繁殖的温床。
“必须趁虫族元气未复，彻底摧毁它们的母巢！”云航在联合舰队会议上坚定地说，“如果给它们时间恢复，下次再来的，会是比这次更庞大的舰队！”
晶核使者点头附和：“死寂星云内有强烈的能量干扰，普通探测仪无法使用，但我们的‘晶核导航仪’能通过恒星残骸的能量波动定位母巢。不过，星云深处的‘噬星母虫’才是虫族的核心，它能不断孵化虫巢母舰，必须先解决它！”
三天后，联合舰队抵达破碎星域外围。死寂星云如同一片巨大的黑色云雾，内部时不时闪过暗紫色的能量光团，那是虫族在吞噬残留的星核能量。“所有战舰启动能量屏蔽，跟随‘逐光号’进入星云！”云航下令，“晶核舰在前开路，星穹舰负责两侧警戒，机甲小队随时准备应对突发情况！”
舰队缓缓驶入星云，周围的能见度不足百米，恒星残骸在引力作用下缓慢移动，时不时碰撞出巨大的火花。突然，探测仪捕捉到前方传来密集的能量信号——是虫族的残留部队，数十只虫舰正围绕着一颗恒星残骸吞噬能量。
“悄悄绕过去，不要打草惊蛇！”云航压低声音，联合舰队放慢速度，沿着恒星残骸的阴影移动。可就在即将脱离虫舰警戒范围时，一只虫舰突然转向，星核口器对准了“逐光号”的方向。
“暴露了！攻击！”云航立刻下令，反星核射线炮同时开火，淡紫色的射线瞬间击穿虫舰的甲壳，虫舰在爆炸声中解体。剩余的虫舰纷纷转向，朝着舰队冲来，却被晶核舰的引力场困住，最终被星穹舰的星穹炮一一摧毁。
清理完残留虫舰后，舰队继续深入星云。半小时后，晶核导航仪突然发出警报：“母巢信号锁定！就在前方十公里处！周围有五只虫巢母舰守护！”
云航立刻让舰队停在隐蔽处，调出母巢的三维图像——那是一只体型堪比小型行星的巨型虫体，表面布满蠕动的孵化舱，五只虫巢母舰如同卫士般围绕在周围，不断有新的虫舰从孵化舱中飞出。
“计划不变！第一小队由我带领，驾驶机甲突破母舰防线，摧毁母巢的能量核心；第二小队负责牵制母舰，为我们争取时间；联合舰队用星核共振弹攻击母巢外壳，打开缺口！”云航下令，十二架机甲同时弹射而出，朝着母巢飞去。
虫巢母舰立刻展开攻击，星核能量束如同暴雨般射来。第二小队的机甲展开虚系护盾，挡住大部分攻击，“烈风”趁机发射穿甲弹，击中一艘母舰的能量导管，母舰失去动力，撞向另一艘母舰，引发连环爆炸。
云航带领第一小队趁机冲过防线，抵达母巢外壳前。联合舰队的星核共振弹同时引爆，母巢外壳被炸出一道巨大的缺口，内部的能量核心暴露在视野中——那是一颗不断跳动的暗紫色球体，正散发着浓郁的星核能量。
“就是现在！”云航操控“启明”机甲，将虚系能量与反星核射线全部注入星刃，朝着能量核心刺去。可就在星刃即将接触核心时，母巢突然释放出一道暗紫色的能量冲击波，将机甲小队全部震飞。
“是噬星母虫的意识攻击！”晶核使者的声音传来，“它在操控母巢的能量，快用虚系晶体抵抗！”
云航立刻取出虚系晶体，晶体散发出暗银色的光芒，形成一道屏障挡住能量冲击。他重新操控“启明”冲向核心，星刃狠狠刺入球体。“滋啦——”能量核心开始碎裂，母巢表面的孵化舱纷纷停止蠕动，五只虫巢母舰也失去动力，在星云中漂浮。
就在众人以为胜利在望时，母巢的残骸突然剧烈颤抖，一只体型更大的噬星母虫从残骸中冲出，它的星核口器能吞噬周围的一切，连恒星残骸都被它吸入体内。“还有一只母虫！”苏晴的声音带着惊慌。
云航咬紧牙关，将机甲的所有能量注入星刃，朝着母虫的头部飞去。母虫张开巨口，试图吞噬机甲，云航却趁机将星刃刺入母虫的口腔，直达它的核心。“轰——”母虫在爆炸声中解体，整个死寂星云的能量波动逐渐平息。
战斗结束后，联合舰队在星云内清理残留的虫族，晶核使者则带领族人回到曾经的家园，开始重建文明。云航站在“逐光号”的甲板上，望着逐渐恢复光芒的破碎星域，心中清楚，这场跨文明的战争，终于迎来了真正的胜利。
当联合舰队返回星穹时，星穹与晶核文明的居民们共同在港口迎接，欢呼声传遍整个星域。云航将虚系晶体与晶核文明的能量晶体放在一起，两种晶体融合成一颗双色晶体，象征着两个文明的友谊与共生。
“未来，星穹与晶核将共同探索宇宙，践行宇宙共生公约。”云航的声音传遍星穹，“‘逐光号’的引擎，会带着这份友谊，驶向更遥远的星空，寻找更多志同道合的文明，一起守护宇宙的平衡与和平。”