洪武三年（4067年）秋季七月初一（丁亥日），继续编修的《元史》完成，共有五十三卷，包括十纪、五志、二表、三十六列传，凡是之前编修的《元史》中没有的内容，全部进行了补充完善，总计二百一十二卷。
翰林院学士宋濂率领各位儒臣将书献上。
皇帝下令将其刊印发行，赐给每位参与编修的人二十两白金、二匹文绮帛，任命儒士张宣等人为官员。
只有赵埙、朱右、朱廉请求辞官回乡，皇帝批准了。
这一天，刮起了大风。
戊子日，皇帝对皇太子说：“天子的儿子与公卿、士、庶人的儿子是不同的。公卿、士大夫和平民百姓的儿子，关系到一个家族的盛衰；天子的儿子，关系到天下的安危。你承担着太子的重任，即将有治理天下的责任。三公九卿、士大夫和平民百姓如果不能修养自身品德、治理好家庭，失败也只是局限于自身和家庭。如果天子不能端正自身、修养品德，他的失败哪里只是他一个人、一个家族（失败）的情形可比，（如果这样）将会使得宗庙社稷（都）不能保全，天下的百姓都会遭受他带来的祸殃，（这种情况）能不害怕吗！能不引以为戒吗？
礼部尚书崔亮上奏制定皇太子以下及群臣赐坐时使用坐墩的制度，参考宋代的典制，各自划分等级。它的规制是，皇太子的冕服以青色为底色，绣上蟠螭、云花作为装饰，亲王的冕服也是这样。宰相及一品官员用红色为底色，装饰只有云花。二品以下官员，使用的蒲墩没有装饰。凡是举行大朝会举行宴会，文官三品以上、武官四品以上可以上殿的人，都赐予坐墩。皇帝退朝闲居以及出行所到之处，对于中书省、大都督府官品在二品以上、御史台官品在三品以上以及功勋旧臣、文学之官等赐予座位的，还会加赐绒罽绣褥，让他们按照规定的样式制作。
辛卯日，下令编制直隶应天等十八个府州，以及江西九江、饶州、南康三府的均工夫图册，每年农闲的时候，那里的农民要到京城服劳役，每年以三十天为限，然后遣返回家。田地多而成年男子少，用佃农充当劳役人员，那些有田的人家出一石米，作为（劳役人员的）费用；不是佃农而是按照田亩数出劳役人员的，其费用则是每一亩田出二升五合米，一百亩田出二石五斗米。
皇帝诏令中书省，将开平王常遇春的正常俸禄以及额外供给的一千六百石粮食，全部赏赐给他。
诏令修建各王府，工部尚书张允进言说：‘各王府的宫城，应当各自按照各藩王的封国选择合适的地点。’请求建造秦王府，用陕西行省台衙署旧址；晋王府，用太原新城；燕王府，用元朝旧内殿；楚王府，用武昌灵竹寺基址；齐王府，用青州益都县衙署；潭王府，用潭州玄妙观基址；靖江王府，用独秀峰前。皇上批准了他的奏请，命令在明年依次营建。
把古北口山外的云州、兴州隶属于北平府。
壬辰日，设置水军等二十四个卫所，每个卫所配置五十艘船，三百五十名军士负责修缮整治船只，遇到征调的时候，就增加兵员来操练这些船只。
皇帝下诏在午门外选择空地建立亭子并竖立石碑，刻上国家政事中能够成为固定范式的内容，以及所有良好的政令，把它们写下来作为准则。
乙未日，礼部尚书崔亮上奏说：‘每月初一、十五祭祀军旗，礼仪繁琐而且轻慢不庄重，这不是用来表示诚恳敬意的做法。’请求只在祭祀的月份，在旗纛庙祭祀。听从了他。
翰林学士宋濂、待制王祎因为上朝迟到，被贬为编修。
宝源局发生火灾。
丙申日。任命太常卿魏观为翰林侍读学士，唐肃为翰林应奉。
任命应天府同知兰以权为知府。
原先的元朝参政脱火赤等人从忙忽滩前来归降，皇帝下诏书赏赐给（他们）帽子和衣服。设置忙忽军民千户所，隶属于绥德卫，任命脱火赤为副千户，仍然赏赐给他袭衣、靴袜、银碗等物品，赏赐给他的随从人员的衣服则各有等差。
皇帝下诏确定各行省、行都督府官员与按察司官员会面时的位次。凡是各道按察司的官员与行省及行都督府的官员一同集会时，按察使、副使、佥事都坐在参政、佥都督的下席，在省郎中、府经历的上席；按察司经历坐在省员外郎的下席，在府都事的上席，按察司知事坐在省府都事的下席。各卫指挥司的官员与按察司的官员、各府州的官员都按照品级顺序（行事）。
丁酉日，皇帝在太庙举行祭祀。任命礼部主事黄肃担任礼部侍郎。
御史台上奏说：明州府亏空盐总计五千四百引，应该让官吏赔偿这些亏空。皇帝说：‘他们固然有罪，然而一定要让他们偿还盐（货），那么就不但会使百姓遭殃，而且官府中的弊病就会渐渐滋生了。’下令将他们全部赦免。
监察御史王铉进言说：太平府的官吏建造官署迟缓拖延，大多在外面居住，请按照违制（违反制度）的罪名论处。皇帝说：‘是因为力量不足，暂且容忍他，让他赶紧完工。’当时朝廷规定，天下省、府、州县的官员都要修建公廨以供居住，太平府的公廨还没有建成，所以王铉才会这样说。
设置军储仓。当时京城的卫所大多储存着数以万计的粮食，但粮仓少，没有地方存放这些粮食。于是命令户部设立二十所军储仓，分别安排官员管理事务，从一到二十，按照数字依次命名。
己亥日。任命殿中侍御史寻适为广西按察使，监察御史王子启、胡子祺为佥事。皇上告谕他说：“广西之地控制着各个蛮族，百姓还没有完全被教化，况且经历战争摧残之后，还没能顺利恢复生计，恐怕当地官员不能抚恤百姓，却进而损害他们。现在特地任命你们去掌管风纪法度，一定要用严明的态度来管理官吏，用宽容的态度对待百姓。如果有奸诈贪婪、强横暴虐、残害善良百姓的人，你们就将他逮捕，审讯判决，然后再上报给我。如果等待奏闻后再作决断，道路遥远，往返必定会有延误。”寻适等人都磕头接受命令。皇上又说：‘凡是治理国家的人，不要追求近期的功效，如果官员恪尽职守，百姓安居乐业，你们只要安安静静地安抚他们就可以了。’
礼部尚书崔亮等人说：“在外地的文武官员，凡是遇到元旦、冬至，举行庆贺行礼时，以当地的指挥使司官员为首。如果指挥司只有副使、佥事、守御，他们的官职都是四品，而按察使、知府都是三品，虽然按察使、知府的官阶较高，但指挥、副使、佥事统管军民，镇守一方，应当坐在左边，按察使、知府坐在右边，仍以武官为首位。像千户、守御这些官职，他们的品级在知府、同知之下，应该把知府、同知作为班列首位，如果没有知府（在场）。同知就以千户为班首。那些府中的通判以及知州与千户品级相同的，就以千户位居左侧作为班列之首。”襄王听从了他（的话或建议等）。
确定功臣守墓的人户，按照封爵、官品的等级来给予。那些应该使用的石碑、石兽之类的东西，也命令有关部门都按照品级官秩制成。
朝廷颁布诏令，制定初一、十五在宫殿升殿时，文武百官朝参的礼仪。礼部尚书崔亮上奏说：“凡是初一、十五，皇帝要穿皮弁服驾临奉天殿，百官穿公服在丹墀东西两侧站立，等到引班官引导官员们合班后，面向北方站立，行再拜礼。班首走到前面，与百官一起鞠躬并高唱：‘某官臣某向陛下请安。’赞礼官唱：‘圣躬万福。’班首起身，回到原位，同百官一起行再拜之礼。赞礼官引导百官分班次站好，仍旧面相对立。行省、府、御史台、六部等各衙门中有事情要上奏的官员，从西边的台阶登上宫殿，奏事完毕后，从西边的台阶下来，负责引导官员上朝列班的官员带领百官按次序出去。如果没有事情上奏，那么侍仪就从西阶登上宫殿，跪着奏报使（君主）知晓。等到侍仪官走下台阶，引领班首，引导百官出宫。凡是身穿公服参加朝会的人，不能举手行私人揖礼。他们朝见天子、呈递奏表和谢恩时，都穿公服。如果当面任命官职而来不及穿戴朝服，当即谢恩的人不要受（常规礼节的）拘束。凡是进入午门，不要互相跪拜、拱手作揖；入朝官员的坐立不要超越各自的等级，不要谈笑、喧哗，不要用手指点、观望。行走时要举止端庄，脚步整齐，站立时要拱手而立，身姿端正，不要随意穿越。如果有事出班，退朝以后，要从原来站班的末尾回到自己的位置。凡是在皇帝面前的近侍，都不能咳嗽、吐痰。如果有原来就患有哮喘病的，突然疾病发作的，允许立即退下班列；或者突然眩晕以及患病不能站立侍奉（君主）的，允许同僚从旁搀扶出去。凡是陪从帝王左右值班以及向帝王奏事，按照以往的礼仪要口含鸡舌香。如果皇帝赐坐，就坐下，不要推辞谦让。坐下以后，如果被皇帝询问，要先站起来，奏对完毕以后再坐下。如果皇帝还有什么要问的，你不必起身。与他人一同侍坐时，如果有人被问询，就应当一人奏对，其他人都静听，不能插话抢说。如果各自有见解，等到那个人说完，才允许上前陈述。凡是儒官在皇帝面前奏事，或者进呈文字，担心有口气、体气，需要退立两三步，不要靠近御案。凡是站立，必须站在东西两角，不能正对着别人。官员入朝或者接受皇帝赐予的宴会时，都不能穿白色的衣服。”皇帝同意了。
夜里五更的时候，有一颗像钵盂一样大的星星，呈青白色，从东北方的云层中升起，缓缓地向东北方向运行，光亮照到地上，大约有四丈多长，散裂变成碎小的星星，消失在云层之中。
辛丑日，祭祀太庙。革除察言司。
壬寅日，赏赐文武官员朝服、公服。在此之前，皇帝命令中书省、礼部官员会同弘文馆学士刘基等人参照历代制度来制定，到此时制定完成，开始颁赐。
甲辰这一天，明升派遣使者进献香楠木，皇帝下诏书赐给明升、他的国相戴寿、知院向大亨以及使者数量不等的华丽丝织品、纱和罗。
礼部尚书崔亮进言说：‘礼是用来区分地位高下，防止奢侈僭越行为的。现在的丧葬礼仪，从公侯、卿大夫到士人和百姓，各有等级差别，然而这其中的礼仪制度，地位高的能够兼用地位低者的礼仪，地位低的不可以僭越地位高的礼仪，财力虽然充裕，也不许超过规定；财力达不到的，根据自家财产状况（来安排丧葬礼仪），不必拘泥于常规惯例。’皇帝同意了。
乙巳日，任命太常寺少卿陈昧为太常卿，任以忠为少卿，杜环为司丞。
赐吏部尚书吴琳退休。吴琳，是黄州人。甲辰年夏天，被召入朝廷担任国子监博士，后又被提拔为浙江按察佥事，转任两淮都转运盐使司同知，后来入朝担任起居注吏部尚书。到了这个时候，皇帝怜悯他年老，下令让他退休回家乡。
河南府奏报：田间出现斑点，就像虫子啃食麻豆（造成的一样），（皇上）命令有关部门捕捉（虫子）。
任命福建行省参政蔡哲为御史台侍御史。
命令户部增加故元威顺王妻子儿女以及三大王力只哈帖木儿的家属、脱火思公主等人每月供给的粮米。
庚戌日，礼部侍郎黄肃被贬为工部郎中，不久又恢复为工部侍郎。
命令户部张榜晓谕全国的军民，凡是没有登记户籍而不应征徭役的人，限定日期允许他们自行申报。因此应天府最先登记户籍的有六百二十三户。朝廷下令将军队遣发到卫所，将百姓归还给当地政府，将工匠隶属于工部。
辛亥日，从癸巳日到这一天一直没有下雨。
壬子日。皇帝对中书省的大臣说：“北方已经平定，将要班师回朝，马匹数量繁多，应该预先准备草料。”于是决定：应天、宁国等六府离京师比较近，分别运送束草，每亩重租田缴纳十六束，轻租田加倍。池州、安庆十六府中距离远的地方，交纳剉草，重租田是一顷交八包，轻租田是它的两倍。
命令平章胡廷美前往河南、开封等府，招集原元朝王保保所统领的逃亡失散的士兵。凡是在洪武元年入籍的人听凭他们成为普通百姓，洪武二年以后入籍的人则编入军队。
任命江仲海为礼部侍郎，张亨为兵部侍郎，刘崧为职方郎中。
甲寅，任命翰林应奉陶凯为礼部尚书。陶凯，字中立，是台州临安人。他学问广博，善于写文章，在元朝时做过教官。元朝初年，陶凯被推荐入朝为官，参与修撰《元史》，还被选派去教导太子读书，被任命为翰林应奉，到这时又被提拔为尚书。
礼官上奏说：“从今以后，派遣官员祭祀太岁、风云、雷、雨、岳镇、海渎、山川、城隍诸神，春天在惊蛰后三天，秋天在秋分后三天。献官以及陪同祭祀的执事官都要提前三天进行斋戒。冬至日清晨，皇帝身穿皮弁服，前往奉天殿，焚烧香料，殿内戒严，登上御座等待。祭祀结束，献官回奏，解除戒严回宫。”皇帝听从了他的建议。
丙辰日，赐给崇礼侯买的里八剌的母亲、妃子以下人员镀金银首饰共六十副，每副包括九件，纱罗布衣服共六十套，每套包括七件。
山东从五月到这个月都没有下雨。
青州发生蝗灾。
明升的部将吴友仁侵犯兴元，守将金兴旺出兵击退了他们。第二天，友仁又来攻打，兴旺与他交战，面部被流箭射中，他拔出箭后继续作战，斩杀敌人数百名。当时城中的守兵仅有三千人，贺宗哲（字友仁）有兵三万，金兴旺因为兵力少，收缩兵力进入城中，派遣使者从小路奔赴宝鸡，求取援兵。友仁于是包围城池，挖开护城河，填平壕沟，攻势更加猛烈，兴旺绕城坚守，发射大炮，投掷石块，敌军有很多死伤的人。当时大将军徐达在西安，得到了消息。于是徐达率领军队回师驻扎在益门镇。先命令傅友德率领三千军队直接奔赴黑龙江，在夜里袭击木槽关，攻打斗山寨，下令让军中的每个人都手持十支火炬在山上点燃。友仁的军队看到火把都点起来了，大为惊恐，趁着夜色逃走了。
把中书省右丞杨宪任命为左丞，不久后杨宪因犯罪被杀。杨宪，字希武，被赐名毕，是太原阳曲人。年少时跟随父亲在江南为官而客居（在那里）。
丙申年，皇上（朱元璋）攻克金陵（南京），杨宪前来拜见，皇上和他交谈，很喜欢他，让他留在幕府任职。杨宪容貌俊美，姿态优雅，通晓经史，有才华善辩论。曾经出使苏州的张士诚，回来后，符合皇帝的心意，被任命为博士厅咨议，后来又被提升为江南行省都事。当时国家军事事务繁多，征调频繁，文书经常堆积如山，杨宪裁决得清晰敏捷，人们都称赞他的才能。然而他为人深沉刻薄，嫉妒心强，凡是比自己强的人，他就用计谋中伤他们。
过了很久，杨宪被外放为浙东行省郎中，又去四明劝谕方国珍。回来升任按察使，转任中书省参议，又外调担任江西行省参政，被征召入朝担任司农卿。没多久，杨宪在中书省参与政务，不久改任河南行省参政。洪武二年（4066年），调任山西。这一年，他被征召担任中书省右丞，到这时（洪武三年七月）升任左丞。
杨宪在皇帝身边时间久了，对典故十分熟悉，却卖弄权势，得到皇帝的宠爱，轻视同僚，没有人敢与他对抗。皇上尚未即位的时候，杨宪曾上书颂扬皇上的功德，趁机劝皇上施行督责之政，来谋求被亲近宠信。皇上说：‘这是想要让我失去人心啊。’朱元璋没有听从他的建议。
杨宪与张昶同在中书省任职，杨宪忌妒张昶的才能超过自己，想要设计陷害他。当时东南地区还没有平定，元朝的政令还在西北通行。张昶曾经在闲暇时对杨宪说：‘我原本是元朝的臣子，勉强留在这儿，心里不能忘记故主，而我的妻儿又都在北方，是死是活都不知道。’杨宪于是抓住他话里的漏洞，诬告张昶谋反，还拿出他亲手写的书信来告发他，张昶于是获罪被诛杀。自此以后，杨宪更加无所忌惮，专权日益严重，他轻视僚属，认为没有人能比得上自己，又喜欢别人对自己阿谀奉承，谋取私利的人大多出自他的门下。
杨宪担任司农卿时，当时浙西刚刚平定，杨宪认为那里的百姓富裕殷实，想要加重赋税来增加国家的收入，就把那里的田亩数量增加了一倍，加倍征收赋税，百姓不堪忍受，都怨恨他。皇上起初不知道这件事。有一个叫陈敦礼的人，是扬州人，擅长诙谐逗趣，称杨宪加赋税为“楦田”（意为虚增田亩）。
杨宪从山西进入中书省（任右丞）时，想要彻底改变中书省的所有事务，将所有的旧官员全部罢免，而改用自己所亲信的人，暗中想要掌握大权，于是他在文书上创造了一个‘一统山河’的花押给官员们看，以此来观察他们是否服从自己。依附自己的人，即使才能平庸也会得到破格提拔。不能提拔的就辞退，人们都不明白他的用意。一天，翰林编修陈??入宫拜见杨宪，杨宪给他看自己的押字，陈??立刻祝贺说：‘押字是大吉之兆，正所谓只有天在上，更无山与齐。’杨宪非常高兴。过了几天，就上奏请求授予陈??为翰林待制，他专横放肆、不守法纪的行为大多像这样。
后来杨宪又刺探丞相汪广洋的隐私，让侍御史刘炳、鄯某等人弹劾他，汪广洋因此被免官，遣返回家乡。杨宪仍然不满足，让刘炳上奏请求把汪广洋迁到海南，皇上没有听从，杨宪又教唆刘炳诬告刑部侍郎左安善诬陷他人，皇上才发觉他们的诬告，将刘炳打入狱中，刘炳不能隐瞒，就把实情全部说了出来。太史令刘基也揭发了杨宪的奸邪行为和其他暗中做的事。皇帝非常生气，命令群臣审讯，杨宪认罪，于是和刘炳等人都被诛杀。
皇上查看内库，感慨地对臣子们说：‘这些都是百姓的劳力所供奉的，积蓄起来是为天下所用的，我怎么敢私自占有呢？如果奢侈且胡乱花费，追求个人的欢娱，竭尽声色方面的享乐，这是把天下的积蓄作为自己一人的奉养。现在天下已经平定，国家没有战事，除了封赏之外，正应该勤俭节约，来减省不必要的开支。’
大明太祖圣神文武钦明启运俊德成功统天大孝高皇帝实录卷之五十四