吴元年（4064年）十一月癸酉朔（初一），朱亮祖率领水军在乐清的盘屿袭击并击败了方明善，追至楚门海口，派遣百户李德去招降他。
乙亥（初三），夏国主明升派遣使者邓良叟前来通好，（太祖）命令邓良叟跟随大将军徐达的军队，观察被攻克的城镇。
丙子（初四），大将军徐达的军队驻扎在下邳，派遣都督同知张兴祖率领宣武等卫的军队前往徐州，进而攻取山东各州县。
戊寅（初六），太祖阅读《汉书》，对身边侍臣说：“汉高祖把追逐狡兔比作武将，把发现踪迹指示方向比作文臣。这个比喻虽然贴切，但话语却有失偏颇。我认为建立基业犹如建造大厦，砍伐木材、加工构件，必须依靠武将；彩绘装饰，必须依靠文臣。只用文臣而不用武将，就像斧头还没动工就先涂粉刷；只用武将而不用文臣，就像房屋已经建成却不加粉饰。这两种做法都是错误的。治理天下的人，应该文武并用，相辅相成，这样或许就不会有偏差了。”
己卯（初七），大将军徐达的军队到达榆行镇，元朝佥院郦毅、镇抚孙惟德等人投降。徐达命令黄蓬、张千户镇守该地。
庚辰（初八），平章韩政的军队进驻梁城，元朝同知枢密院事卢斌、佥院程福等人率领部众投降。当天，徐唐臣等人到达沂州。
辛巳（初九），征南将军汤和攻克庆元。在此之前，汤和的军队从绍兴渡过曹娥江，进军驻扎在余姚，余姚知州李枢和上虞县尹沈煜投降。于是汤和进兵至庆元城下，攻打四门。庆元府判徐善等人率领官员和父老从西门出城投降。方国珍驱赶部下乘船从海上逃跑，汤和率兵追击。方国珍率众迎战，汤和军队将其击败，斩首及溺水而死者甚众，擒获方国珍的副枢方惟益、元帅戴廷芳等人，缴获海船二十五艘，马四十一匹。方国珍率领余部逃入海中。汤和回师庆元，随后攻占了定海、慈溪等县，收降士兵二千人，缴获战舰六十三艘、马二百余匹、银印三枚、铜印十六枚、金牌二枚、钱六千九百余锭、粮食三十五万四千六百石。
壬午（初十），沂州王宣反叛，大将军徐达率兵进讨，攻克了沂州。在此之前，太祖因王宣先前投降，所以派徐唐臣等人前去传达命令，让他率兵跟随徐达出征讨伐。徐唐臣等人到达后，王宣内心不愿服从，就密令其子王信前往莒州、密州等地招募士兵，做防御准备。同时派员外郎王仲刚和王信的岳父冯某等人，假装前来犒劳军队，以拖延徐达的行动。徐达接受了犒劳并送他们回去。王仲刚等人回去后，王宣当夜派兵劫持徐唐臣等人欲加杀害，众人混乱中，徐唐臣逃脱，跑到徐达军中。徐达闻讯，当天即率军直抵沂州，在北门扎营。徐达仍想招降王宣，又派梁镇抚前去劝说。王宣派郎中常某到西门见梁镇抚。梁镇抚对常某说：“我（过去）就是张士诚的义子，因早早归降，才有今日。王平章（指王宣）不降，还在等什么？”常某回去告诉王宣，王宣派人迎请梁镇抚进城，对他说：“我投降！我投降！”梁镇抚回报徐达后，王宣却又关闭城门拒守。徐达大怒，下令进攻，分兵在其南门扎营。都督冯宗异（冯胜）命令士兵开坝放水。第二天，徐达督军猛攻沂州城。王宣因等待王信募兵未归，自感难以支撑。
甲申（十二日），王宣于是打开西门，带着元朝授予的沂国公印及其子王信，奉上降表出降。徐达命王宣写信，派镇抚孙惟德去招降王信。王信不从，杀了孙惟德，与其兄王仁逃往山西。于是沂州右丞赵蛮子、莒州周黻、海州马骊，以及沭阳、日照、赣榆各县官员连同追随王信的将士，都相继前来投降。徐达因王宣反复无常，又恼怒其子杀害孙惟德，于是拘捕王宣，将其杖责处死，并杀了王仲刚、常郎中等。命令指挥韩温镇守沂州。
乙酉（十三日），制定大都督府及各卫所官员品级制度：
大都督府：左右都督正一品；同知都督从一品；副都督正二品；佥都督从二品；参议正四品。
经历、断事官从五品。
都事正七品；照磨从七品。
内外各卫指挥使司佥事、宿卫镇抚从四品；各卫镇抚从五品；千户所镇抚从六品。
各卫知事正八品；宿卫知事从八品。
断事官提控案牍由中书省任命。
其余官职品级照旧。
制定盐运司官员品级制度：
盐运司使正三品；同知正四品；副使正五品；运判正六品；经历正七品；知事正八品；照磨正八品。
纲官正九品。
盐场司令从七品；司丞从八品；百夫长由中书省任命。
任命大都督府副使康茂才为都督府同知；任命鹰扬卫指挥使郭子兴、天策卫指挥使陈德同为佥都督。
确定起居注给事中的官品为正五品。
戊子（十六日），元朝沂水县守将张云翰派人向徐达表示归顺。
己丑（十七日），汤和等人攻下温州、台州、庆元后，方国珍逃入海岛。太祖于是任命中书平章廖永忠为征南副将军，率水军从海路前往庆元与汤和会合，共同讨伐方国珍。太祖祭祀海上诸神说：“近来任命御史大夫汤和为征南将军，领兵攻取庆元、温、台等郡。今又派中书平章廖永忠为其副将，前往庆元招抚军民。只是这些士兵未曾渡海，此次要经海路前往，望诸神明察。”
方国瑛派经历郭春及其子方文信到朱亮祖军前请降。
庚寅（十八日），太祖派使者谕令大将军徐达等说：“闻将军已克沂州，未知兵锋指向何方？如欲攻益都，当派精锐将士扼守黄河要冲，断其援兵，使敌外援不得进，内部无指望。我军势重力专，必能攻克。若益都未下，则应进取济宁、济南二城。益都若下，山东敌军势穷力竭，如囊中之物，可不攻自破。然军情难以遥测，随机应变，尤在将军。”当时金星与火星在丑分（星次）相会，望日（十五）之后，火星追逐金星经过齐鲁分野（山东地区）。占卜认为：“宜大展兵威”，故有此谕令。
壬辰（二十日），方国珍部将徐元帅、李佥院等率部向汤和投降。方国珍见诸将皆叛，不得已，也派郎中承广、员外郎陈永奉书信向汤和乞降。不久，又派其子方明完、方明则、侄子方明巩等向汤和缴纳其行省、枢密院及各官署的银印、铜印共二十六枚，以及白银一万两、铜钱二千缗。
翰林侍讲学士朱升年老，特免其上朝谒见之礼。
甲午（二十二日），太祖沐浴后出宫视察圜丘（天坛），回头对起居注熊鼎等人说：“这与古制相符吗？”熊鼎答：“略有差异。”太祖说：“古人在郊外祭祀，扫地而祭，器具用陶匏，以示俭朴。周代有了明堂，礼仪才完备。如今我创立此坛，虽不必尽合古制，但一片敬天诚心，不敢有片刻懈怠。”熊鼎说：“主上创业之初，首重郊祀之礼，既斟酌时宜创立一代制度，又始终竭尽诚敬，这确是前代所未及的。”太祖说：“郊祀之礼，并非崇尚虚文，正是为天下苍生祈福，我怎敢不竭尽诚心？”当时世子随行，太祖命左右引导世子遍访农家，观看其居所、饮食、器具。回来后对他说：“你知农夫的辛劳吗？农夫辛勤劳作，种植五谷，身不离田地，手不离农具，终年勤苦，不得休息。他们所居不过是茅屋草席，所穿不过是粗布衣裳，所食不过是菜羹糙饭，而国家经费皆出自他们之手。所以让你知道这些。凡在衣食住行方面，必须念及农夫的劳苦，取用要有节制，使用要有节度，使他们不至于饥寒，才算尽了为君之道。若再加横征暴敛，百姓就苦不堪言了。故为百姓君上者，不可不体察下情。”又指着路边荆棘对世子说：“古时用此作笞刑刑具，因它能祛风，虽伤人却不至过重。若用他物，恐致殒命。此乃古人用心仁厚之处，你也应知晓。”
元朝莒州守臣安统前来归顺。
乙未（二十三日），冬至，文武百官按常仪朝贺。当日，太史院进呈戊申年（4065年）《大统历》。在此之前，太史院会同太常司商议进献历书礼仪：宋朝每年十月初一在明堂设仪仗，如朝会礼仪，接受来年新历，颁布郡县。现拟定冬至前一日，由中书省大臣同太史院使奏闻进历之事。冬至日黎明，太祖御正殿，百官朝服侍班。执事官在丹墀中设奏案。太史院官着公服，院使用盘袱捧历书从正门入，属官从西门入。院使将历书置于案上，与属官序立，行再拜礼。院使捧历书从东阶升，由殿东门入，至御前跪进。太祖接受历书后，院使起身复位，众人再拜。礼毕，将历书颁布中外。此次即按此仪进行。事后，太祖召见御史中丞兼太史院使刘基说：“古时于季冬（十二月）颁来年历书，似太迟；今于冬至颁，亦未妥。自明年起，皆于十月初一进献。”当初，戊申历书修成，将付梓时，刘基与其属官高翼将所录副本进呈。太祖看后问刘基：“此众人之作乎？”刘基答：“是臣二人详定。”太祖说：“历法乃国之大事，帝王敬天勤民之本。天象运行有快慢，古今历法有疏密，若不得要领，难免有差。春秋时，郑国拟一外交辞令，必由裨谌草拟，世叔讨论，子羽修饰，子产润色，然后方用，故少有缺失。辞命尚且如此严谨，何况制定历法？卿等推算，须各尽其心，务求至当。”刘基等叩首退下，于是又将其所录历书再加详细校对，然后刊印。
丙申（二十四日），太祖御戟门（宫门），与侍臣谈及郊祀，因而说：“慕容超行郊祀时，有赤鼠大如马的异象，太史成公绥占卜，认为是信用奸佞、杀害贤良、赋役繁重所致。可见妖孽之兆，实由人起。我常以此自警，如公孙五楼（慕容超宠臣）之流，我岂肯任用？”起居注熊鼎等叩首说：“慕容超信用奸佞，故贤良退避而奸佞依附。今主上明圣，所用皆贤良，公孙五楼之徒，从何而来？”太祖说：“你们应努力，若有所见，切莫隐瞒。”
朱亮祖兵至黄岩，方国珍之弟方国瑛及其侄方明善前来拜见，被朱亮祖送往建康。
戊戌（二十六日），太祖对侍臣说：“我昨日观览地图，所得州县，天下三分已有其二。若得才识贤俊之士，布列朝廷内外，辅佐我治理天下，我以一心总其纲领，群臣协力襄助政务，使弊端革除、法度彰明、百姓安乐、物产丰足，统一天下大业，便可指日可待。古语云：‘国无仁贤，则国空虚。’尔等应各举贤良，以供任用。”
己亥（二十七日），中书参政傅??（傅瓛）奏称：“应天府有积压案件，应当判决。”太祖问：“积压多久了？”答：“超过半年。”太祖警觉地说：“京师尚有积压案件，郡县含冤者就更多了！若官吏称职，按时决断，怎会如此？”傅??叩首说：“臣等未能统率百官，是臣之罪。”太祖说：“我并非不爱百姓，而百姓仍遭如此冤抑。近处尚且如此，远方情况何以得知？自今以后，狱囚审讯明白，必须按时判决发落，不得拖延积压。”
庚子（二十八日），攻克滕州。在此之前，大将军徐达命平章韩政攻取榆行、梁城诸镇寨，继而又命韩政分兵扼守黄河，以切断山东援兵。韩政于是派千户赵实率兵攻取滕州。元守将杨知院驱赶军民老幼登城固守。此时闻知大军将至，城中恐惧，杨知院逃走，于是攻克滕州。
辛丑（二十九日），大将军徐达攻克益都。在此之前，徐达抵达临朐，元朝守将丁玉明弃城而逃。等徐达到达益都时，丁玉明又归降。徐达于是派丁玉明入城劝降元平章老保等人，未能成功。徐达对诸将说：“老保所倚仗的不过是黄河援军。我已分兵扼守黄河，断其左臂，他还不知自己已是瓮中之鳖。”随即督兵填平壕堑攻城，攻克益都，俘获老保与白知院等人，平章普颜不花不屈而死。随后又攻占了寿光、临淄、昌乐、高苑等县及潍州、胶州、博兴等州，俘获将士一万零五百余人、马骡一千六百余匹、粮食十八万九千余石，命令指挥叶国珍等人镇守益都。老保姓李，又名保保，是阳武县中智保人。元至正十二年（4049年），察罕帖木儿在沈丘起兵，老保追随他，收复罗山县，被任命为泽州路治中。后因平定方脱脱之乱有功，改任枢密院知院（相当于兵部尚书），镇守石州。又随察罕帖木儿攻取山东。察罕被田丰、王士诚杀害后，老保与其外甥王保保（扩廓帖木儿）合力攻下益都，升任平章政事，留守益都。至此，与白知院一同被押送建康。老保后来随太祖巡幸汴梁，太祖派他去招降王保保，结果被王保保用毒酒杀害。
太祖敕令大将军徐达等：“若山东各城均已攻克，留兵一万驻守益都，其余分守济南、济宁。然后大军进取河南（河、洛）、河北（燕、冀），相机行事。徐州仍增派原驻守部队加强防守。”
壬寅（三十日），太祖对中书省、御史台官员说：“近代法令过于繁苛，流弊丛生。如今制定法令，旨在适中得当，不蹈前朝覆辙。例如元朝条规冗杂，官吏得以营私舞弊，危害无穷。且以‘七杀’之罪来说，谋杀、故杀（故意杀人）、斗殴杀（斗殴致死）既已定为死罪，何必再细分名目？即使误杀或有可宽宥之处，但究其性质与戏杀（嬉戏过失致死）、过失杀（意外致死）也相去不远。现今立法正是为了矫正旧弊，主旨在于简明而严厉：简明则执法无出入之弊，严厉则百姓知畏惧而不敢轻易犯法。你们要领会此意。”
征南将军胡廷瑞率军越过杉关，攻占光泽县。
《大明太祖高皇帝实录》卷之二十七