身后之事
蜀军返回成都后，刘禅追谥诸葛亮为忠武侯。
【《资治通鉴》：诸军还成都，大赦，谥诸葛亮曰忠武侯。】
诸葛亮遗言命令部下将自己葬在汉中定军山，依山势修建坟墓，墓穴仅能容纳下棺材。诸葛亮曾经上表指出自己没有多余财产，只有800株桑树和15顷土地，而自己穿的都是朝廷赐封，就算儿子都是自给自足，自己没有一点多余的财产。果然，诸葛亮直至死时也是如此，甚至在临死前，也吩咐了他下葬时只需要挖洞一个，棺木能够放进去便足够，自己则穿着平常的服装即可，不须要其他配葬物。武侯墓在定军山勉县。
【《三国志·卷三十五·蜀志·诸葛亮传》：初，亮自表后主曰：“成都有桑八百株，薄田十五顷，子弟衣食，自有馀饶。至於臣在外任，无别调度，随身衣食，悉仰於官，不别治生，以长尺寸。若臣死之日，不使内有馀帛，外有赢财，以负陛下。”及卒，如其所言。】
蜀汉各地多上书请立诸葛亮庙，蜀汉朝堂以此违背礼制不纳，于是百姓在四时的节日于道路上私祭诸葛亮。直至景耀六年（公元263年），在习隆、向充的建议下，刘禅在沔阳为诸葛亮立庙。
【《襄阳记》：亮初亡，所在各求为立庙，朝议以礼秩不听，百姓遂因时节私祭之於道陌上。言事者或以为可听立庙於成都者，后主不从。步兵校尉习隆、中书郎向充等共上表曰：“臣闻周人怀召伯之德，甘棠为之不伐；越王思范蠡之功，铸金以存其像。自汉兴以来，小善小德而图形立庙者多矣。况亮德范遐迩，勋盖季世，王室之不坏，实斯人是赖，而蒸尝止於私门，庙像阙而莫立，使百姓巷祭，戎夷野祀，非所以存德念功，述追在昔者也。今若尽顺民心，则渎而无典，建之京师，又逼宗庙，此圣怀所以惟疑也。臣愚以为宜因近其墓，立之於沔阳，使所亲属以时赐祭，凡其臣故吏欲奉祠者，皆限至庙。断其私祀，以崇正礼。”於是始从之。《三国志·卷三十五·蜀志·诸葛亮传》：景耀六年春，诏为亮立庙於沔阳。】
景耀六年（公元263年），司马昭派遣邓艾、钟会伐蜀。诸葛亮的长子诸葛瞻和长孙诸葛尚一起在绵竹之战中战死沙场。
【《三国志》：（景耀）六年冬，魏征西将军邓艾伐蜀，自阴平由景谷道旁入。瞻督诸军至涪停住，前锋破，退还，住绵竹。艾遣书诱瞻曰：若降者必表为琅邪王。瞻怒，斩艾使。遂战，大败，临陈死，时年三十七。众皆离散，艾长驱至成都。瞻长子尚，与瞻俱没。】
主要影响
政治
廉政建设
身为丞相，诸葛亮深知：“屋漏在下，止之在上，上漏不止，下不可居也。”他不仅带头廉政，树起一面旗帜，同时还把廉政作为一项重要的政治、法律建设来抓，对蜀汉政治、经济、军事、文化的方方面面，都产生了重大影响。诸葛亮时期的廉政建设，首先表现在对蜀汉宫城规模和惠陵规模的严格控制上。在诸葛亮执政时期，年青的后主，常欲采择以充后宫。当时负责宫中事务的董允以为古者天子后妃之数不过十二，今嫔嫱已具，不宜增益，终执不听。后主皇妃之数是一个复杂问题，涉及到皇宫规模建制等诸多问题，非董允所能决定。当时，“及备殂没，嗣子幼弱，事无巨细，亮皆专之”。“政事无巨细，咸决于亮”。诸葛亮在蜀汉上层创造了一个廉政奉公的政治氛围，蜀国官员以诸葛亮为榜样，为官节俭，力戒奢华，造就了整整一个廉政时代。
制定法律
诸葛亮立法公开、执法公平，有异于同时代封建的法律思潮。蜀汉章武元年四月丙午日（公元221年5月15日），刘备在成都称帝。而益州旧为刘璋所统治，所以法令废弛，地方派系坐大自强，刘备统治集团的强力介入破坏了相当一部分人称霸西南的企图，这种情况下蜀汉政权作为客籍政权面对着来自益州旧势力的阻挠。面对这种情况诸葛亮认为这不是苛法峻刑所留下的民怨，而蜀汉是建立在律令长期废弛，导致官民混乱君臣无道，紊乱了“纲纪”。他说“三纲不正，六纪不理，则大乱生矣”三纲是指君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲。六纪是指诸父有善，诸舅有义，族人有叙，昆弟有亲，师长有尊，朋友有旧。所以只有任法才能改变德政不举、威刑不肃的局面只有威之以法，才能改变蜀土人士，专权自态，君臣之道，渐以陵替的态势。与儒家“崇礼”治世的观点不同诸葛亮认为国家的治乱兴衰的根源在乎“法”，因此，诸葛亮一再告诫、反复强调法在治理国家过程中的重要性“夫一人之身，百万之众，束肩敛息，重足俯听，莫敢仰视者，法制使然也。”
【《资治通鉴》：（章武元年）夏，四月，丙午，汉中王即皇帝位于武担之南，大赦，改元章武。】
不仅如此，诸葛亮还进一步从反面强调了不以法治国的严重后果“若乃上无刑罚，下无礼义，虽有天下，富有四海，而不能自免者，莱纷之类也。夫以匹夫之刑令以赏罚，而人不能逆其命者，孙武、穰苴之类也。故令不可轻，势不可通。”因此，诸葛亮入蜀之初便与法正、刘巴、李严、伊籍等人依据和增删秦汉旧律，共同制订了蜀国的法典《蜀科》。此外，他还亲自起草了各种科条律令数十则，其内容包括了《八务》《七戒》《六恐》《五惧》等条规。
军事
治军思想
诸葛亮善于治军，陈寿在《三国志》中就曾提到，诸葛亮“治戎为长”。诸葛亮也曾在《论荐刘巴》一文中亲言：“运筹策于帷幄之中，吾不如子初远矣！若提鼓，会军门，使百姓喜勇，当与人议之耳。”可见，诸葛亮治军有方。诸葛亮善于治军有如下几个特点：
首先，治军以明。诸葛亮治军以明包括正反两个方面的内容，从正面来说，诸葛亮治军以明表现为：一、提出明确的道德要求。如《将苑·谨候》一文就集中表述了这方面的内容。诸葛亮认为师出以律，失律则凶，律有十五，其中明白地指出要“勇”“廉”“平”“忍”“宽”“信”“敬”“明”“仁”“忠”等有关道德方面的要求。《将苑·将材》一文中要求将帅要具备“仁”“义”“礼”“智”“信”的才能。《便宜十六策·阴察第十六》一文中说阴察之政要有五德：“禁暴止兵”“赏贤罚罪”“安仁和众”“保大定功”“丰挠拒谗”。二、规定严格的法令规定。如诸葛亮亲着的《法检》两卷、《军令》两卷（现存仅为《军令》十五条），制定的《八务》《七戒》《六恐》《五惧》等条规。《便宜十六策·斩断第十四》一文对不听从教令的“轻”“慢”“盗”“欺”“背”“乱”“误”七种情形的严肃处理。
其次，以信为本。诸葛亮治军重信。诸葛亮认为，“信，重然诺也”，也就是说，“信”就是要做到言必行、行必果，言出必行。不诚者失信，如果不知道守信用，那么作战一定会失败；如果有法令而不能够执行，那么即使有百万之众，也是毫无用处。反之，如果用信义来鼓励将士，将士没有不拼命效力的。因此，诸葛亮强调治军要以信为本，“夫统武行师，以大信为本。”以信为本，就赏罚而言，诸葛亮认为要“赏罚有信”，因为用赏罚来判定功过，士卒就会知道守信用；就将帅而言，诸葛亮认为所谓信将，即“进有厚赏，退有严刑，赏不逾时，刑不择贵”。
用兵南中
蜀国大臣朱褒、雍闿、高定等叛变，南中豪强孟获参与其中。在北有曹魏大兵压境、东有孙权荆州军威胁，南有三郡叛乱的困难形势下，诸葛亮采取了“北抗曹魏、东和孙权”的战略，在建兴元年（公元223年）十月派邓芝到东吴进行修好，并取得了外交上的成功。接着，在建兴二年（公元224年）积极进行兵力补充、整训等战役准备工作。这样，在建兴三年（公元225年）初，已经具备了南下平叛作战的条件，于是，诸葛亮在成都开始组织这次南征战役。
建兴三年（公元225年）五月，诸葛亮大军渡过泸水，进入益州郡。在克服了气候、地形、运输等困难后，在味县（今云南曲靖）以北地区追上了孟获的部队，经过激战，击败了孟获的部队，生擒孟获。接着，诸葛亮大军南下到达味县地区与李恢的部队会师。随后，大军向西挺进，进兵滇池（今云南晋宁东），并分兵平定了四周的部族。
建兴三年（公元225年）秋。整个战役胜利结束。
【《汉晋春秋》：亮至南中，所在战捷。闻孟获者，为夷、汉所服，募生致之。既得，使观於营陈之间，问曰：“此军何如？”获对曰：“向者不知虚实，故败。今蒙赐观看营陈，若只如此，即定易胜耳。”亮笑，纵使更战，七纵七禽，而亮犹遣获。获止不去，曰：“公，天威也，南人不复反矣。”遂至滇池。南中平，皆即其渠率而用之。或以谏亮，亮曰：“若留外人，则当留兵，兵留则无所食，一不易也；加夷新伤破，父兄死丧，留外人而无兵者，必成祸患，二不易也；又夷累有废杀之罪，自嫌衅重，若留外人，终不相信，三不易也；今吾欲使不留兵，不运粮，而纲纪粗定，夷、汉粗安故耳。”《三国志·卷三十五·蜀志·诸葛亮传》：三年春，亮率众南征，秋悉平。军资所出，国以富饶，乃治戎讲武，以俟大举。】
北伐曹魏
诸葛亮为了匡扶汉室，统一中原，从建兴六年（公元228年）春至建兴十二年（公元234年）冬先后兵出汉中，对曹魏发动的五次战争。
建兴六年（公元228年）春，诸葛亮第一次北伐，诸葛亮设疑兵于斜谷，自己率大军攻祁山。张合大破马谡于街亭，诸葛亮返回汉中。
【《三国志·卷三十五·蜀志·诸葛亮传》：六年春，扬声由斜谷道取郿，使赵云、邓芝为疑军，据箕谷，魏大将军曹真举众拒之。亮身率诸军攻祁山，戎陈整齐，赏罚肃而号令明，南安、天水、安定三郡叛魏应亮，关中响震。魏明帝西镇长安，命张合拒亮，亮使马谡督诸军在前，与合战于街亭。谡违亮节度，举动失宜，大为合所破。亮拔西县千馀家，还于汉中，戮谡以谢众。】
建兴六年（公元228年）冬，诸葛亮第二次北伐。出散关，包围陈仓，攻打二十多天，蜀军粮尽退军。
【《三国志》：（建兴六年）冬，复出散关，围陈仓，粮尽退。魏将王双率军追亮，亮与战，破之，斩双，还汉中。《三国志·卷三十三·蜀志·后主传》：六年春，亮出攻祁山，不克。冬，复出散关，围陈仓，粮尽退。魏将王双率军追亮，亮与战，破之，斩双，还汉中。】
建兴七年（公元229年），诸葛亮第三次北伐，诸葛亮派遣陈式攻占武都、阴平。魏将郭淮带兵援救，诸葛亮亲自率军至建威，郭淮撤退，蜀汉成功得到二郡。
【《三国志·卷三十三·蜀志·后主传》：七年春，亮遣陈式攻武都、阴平，遂克定二郡。冬，亮徙府营於南山下原上，筑汉、乐二城。】
建兴九年（公元231年），诸葛亮第四次北伐，蜀军包围祁山，司马懿和张合带兵援救。李严运粮不继，蜀军粮尽退军。张合追击蜀军至木门，被蜀军射杀。
【《三国志·卷三十五·蜀志·诸葛亮传》：九年，亮复出祁山，以木牛运，粮尽退军，与魏将张合交战，射杀合。】