道果上的瑕疵如同墨滴入水，在模型世界上悄然晕染。起初只是天边一粒微尘，三日后已蔓延成蛛网状的黑斑。黑斑所覆之处，规则凝固，自由僵化，连时光都变得粘稠迟缓。更可怕的是，这瑕疵正在吸收新生世界的生机，如同无底深渊。
苏婉以创世印记照向瑕疵，金光触及黑斑的刹那竟被反噬。印记边缘出现腐蚀痕迹，犹如被无形酸液侵蚀。林念源奏响净化笛音，音波却在瑕疵表面折射成扭曲的杂音，反而加速了黑斑的扩散。
青铜殿传来急讯，万界能量天平正在倾斜。因瑕疵吞噬过多生机，已有三十六个小世界陷入枯萎。守殿长老们联手布下规则牢笼，试图隔绝瑕疵的吞噬，但牢笼触及时竟被同化成瑕疵的一部分。
第七日，瑕疵中心睁开一只眼睛。这只眼没有瞳孔，只有不断旋转的混沌漩涡。它凝视之处，万物呈现诡异的双生状态。药草同时枯荣，村民半生半死，连河流都分段呈现流淌与凝固两种形态。
刘云轩取来晨露浇向瑕疵，露珠却在触及瑕疵时倒流回叶片。他用药锄轻触黑斑，锄尖传来冰火交织的触感。更奇怪的是，瑕疵中浮现出青山村的倒影，倒影中的村民皆面带诡异的微笑，动作整齐如提线木偶。
守一老者的残魂从世界树心浮现，说此非瑕疵，而是道果必然的劫数。完美之道必存缺憾，这瑕疵正是道果蜕变的契机。但若不能在其完全觉醒前引导，新生世界将成为它降临的躯壳。
瑕疵中的眼睛突然转动，目光锁定刘云轩。整个新生世界的景象开始扭曲重组，化作巨大的炼心幻境。幻境中，刘云轩同时经历万种人生。有时是统治诸天的仙帝，有时是堕入魔道的罪人，更多时候是碌碌无为的平凡药农。
每种人生都在诱惑他做出选择。接受瑕疵之力可掌万界，斩除瑕疵能得圆满，放任不管则世界崩毁。但无论哪种选择，幻境都会展现可怕的后果。接受力量会成为瑕疵傀儡，斩除瑕疵会引发道果崩溃，放任不管将导致亿万人消亡。
苏婉创世印记爆发强光，她斩断与新生世界的联系，将全部力量注入林念源笛中。笛声化作实质的音刃斩向幻境，却在触及瑕疵时被反弹回来。音刃倒卷，反而将苏婉定在半空，创世印记出现蛛网裂痕。
林念源弃笛结印，以自身为器布下殒道大阵。阵法光芒照亮瑕疵本质，那竟是道果孕育出的自毁意志。因追求极致完美，反而诞生了终极不完美。这瑕疵要吞噬本体，完成从创造到毁灭的轮回。
就在瑕疵即将完全觉醒时，刘云轩做了一件看似徒劳的事。他走进幻境，不是对抗也不是顺从，而是开始给药园除草。动作笨拙如初学农事的少年，每一锄都破绽百出。更神奇的是，随着他的动作，幻境中的万种人生开始重叠交融。
仙帝的威严与罪人的癫狂在锄尖交融，平凡药农的日常与瑕疵的吞噬相互抵消。当锄头第三次落下时，瑕疵中的眼睛突然流泪。泪水滴落处，黑斑化作滋养万物的春雨。原来极致的不完美，正是另一种完美。
瑕疵消散处，道果真正圆满。但果核深处，一枚新的瑕疵正在悄然孕育。
瑕疵消散的第七日，新生世界迎来前所未有的生机。被吞噬的三十六小世界重新焕发光彩，枯萎的草木抽出新芽，连凝固的河流都恢复奔流。但苏婉眉心的创世印记始终带着一道细微裂痕，那是瑕疵残留的印记。
林念源发现他的竹笛音色变了，每个音符都带着淡淡的忧伤。这忧伤不是悲哀，而是对完美与残缺的深刻理解。青铜殿传来新的讯息，万界天平恢复平衡，但刻度永久改变了。原来完美需要瑕疵来定义，就像光明需要阴影来衬托。
守一老者的残魂在世界树心微笑，说真正的圆满是包容缺憾。他最后的力量化作露水，滴落在道果的果核上。果核表面的新瑕疵突然绽放异彩，变成一道美丽的纹路。这纹路不是缺陷，而是道果独一无二的印记。
然而平静总是短暂。月圆之夜，道果突然自动脱落，在枝头旋转九圈后悬停半空。果核上的纹路投射出奇异的光影，光影中显现出九重天外的景象。那里有更多类似的道果，每个都带着独特的瑕疵，正在朝着某个中心汇聚。
刘云轩伸手接住道果，果实在他掌心化作一面石镜。镜中映照的不是他的倒影，而是一片混沌的虚空。虚空中漂浮着无数世界的碎片，这些碎片正在重新组合，形成新的天地。而在这新天地的中心，隐约可见一座古老的祭坛。
苏婉的创世印记突然灼热，她认出那是传说中的归真祭坛。据说登上祭坛者，可见万物本源，但也将承受本源冲击。林念源的竹笛自动飞向石镜，笛身与镜面接触的刹那，浮现出一行古老的预言：九果归真日，万界重生时。
更令人不安的是，石镜中开始浮现其他八位道果持有者的身影。有的身披星辉，有的脚踏祥云，更有的笼罩在迷雾中。他们似乎也通过各自的道果，看到了归真祭坛的景象。九道目光在虚空中交汇，既带着警惕，又隐含期待。
青铜殿传来最高级别的警示，归真祭坛现世，意味着万界将迎来重组。这不是毁灭，而是新生，但重组过程可能让许多世界消失。守殿长老们请求新生世界出手，引导重组方向，避免最坏的结果。
刘云轩握紧石镜，镜面突然变得温暖。他感受到其他八位持有者的意念，有的想要阻止重组，有的希望加速进程，更多的则在观望。而道果传来的信息显示，九枚道果必须齐聚祭坛，重组才能完成。
夜色渐深，石镜中的景象越来越清晰。祭坛上浮现九处凹槽，形状与道果完全吻合。当第一颗星辰升上中天时，镜中突然出现守一老者年轻时的身影。他站在祭坛中央，微笑着向刘云轩招手。
就在这时，新生世界的边缘突然裂开一道缝隙。缝隙中伸出一只覆盖鳞片的巨手，直取石镜。巨手所过之处，万物凋零，连时光都被吞噬。更可怕的是，这只手上也握着一枚道果，只是这枚道果通体漆黑，散发着不祥的气息。
归真祭坛的争夺，才刚刚开始。而刘云轩手中的道果，似乎隐藏着更深的秘密。