第二日清晨，奢崇明的行踪终于被发现。
他藏身于距重庆府不远的一座庄园，身边只剩数百残兵，不久前还在那里休整。
奢崇明原本计划退回重庆，重整旗鼓，招集溃散的部队。
然而未曾料到，重庆已然落入敌手。他只好沿长江逆流而上，企图返回泸州。
尚未完成渡江船只的准备，江岸边便已遍布明军旌旗。奢崇明目睹此景，双目赤红，狂怒大吼，声称要将敌军尽数杀尽。
这不过是他一厢情愿的妄想。
官军一次冲锋，便击溃了这群饥饿疲惫、体力不支的残兵。
这些残部本就无意继续死战，稍有见识之人都明白，大势已去。
与其做无谓挣扎，不如归降，或许还能保住性命。
奢崇明虽有反叛的胆量，却无赴死的勇气。认清现实之后，他只能愤懑地丢下武器，任由官兵将他捆绑押解，送至“皇帝”处献俘。
至此，数日前尚能震动川蜀、声势浩大的“大梁王”奢崇明，在明军的围剿之下迅速败亡，本人被俘，数万大军全军覆没。
此役，明军共斩敌首级两万余，俘虏三万余人，成功擒获叛军首脑奢崇明，取得全面胜利。
朱由校收到捷报后，神情淡然，仅下令御营返回重庆，并命秦邦屏与秦良玉率领部属，深入山林清剿残余叛军及潜藏深山的土匪。
对奢崇明，朱由校并未放在心上。在他看来，此人不过示威不足道的小人物。史书之中，奢崇明不过是趁着地方无备时，侥幸取胜几次，其余皆为败绩。
纵然朱由校轻视其人，但作为叛乱首恶，奢崇明终究难逃一死。
朱由校下令将其押送回重庆，依照大明律例，处以凌迟极刑，诛灭九族，首级悬挂城头示众，并号召重庆百姓前来观斩。
处理完叛乱余波后，朱由校亲自统率大军，与陈广会师，水陆并进，向泸州进军。
泸州的奢寅，败得比其父奢崇明更迅速。在他尚未逃亡之前，明军已然攻克泸州。
朱燮元与王平采用“声东击西”之策，在不同地点同时渡江，成功迷惑一向精明的奢寅。
奢寅与其父遭遇相同，在战局白热化之际，遭官军夹击，仓皇溃逃。
他原本兵力不过五千余人，此战折损过半，根本无力抗衡官军。
撤退至永宁途中，又遭遇一支身份不明的官军伏击，伤亡惨重，只得逃入深山密林，寻求一线生机。
虽然奢寅兵败情形与其父极为相似，但命运却比其父更显顽强。他并未被明军捕获，而是真正逃出生天。
朱由校抵达泸州，待局势一一摸清后，便不再理会奢寅的生死。
此人已无路可逃，终归难逃一死。
泸州原是奢氏叛军的后勤重地，粮草储备自然充足，足足囤积了十五万石粮食。至于金银财宝却寥寥无几，总共加起来也不到十万两。可这些已无关紧要。
他亲自率领大军向南推进，直扑奢氏的老巢——永宁宣慰司。那里还有一件更为关键的事情等着他去处理。
奢崇辉并不知晓，他的兄长与侄子早已溃败，更不知道皇帝已亲自统兵前来讨伐。此时的他，正狼狈地带着奢崇明留下的一支残兵，与鲁钦的官军激烈交战。
他与前线的联络早已中断，不知多久没有消息。
鲁钦是川地有名的将领，早年参与过多场平叛战事，屡建奇功，在年轻时便已声名鹊起。后来经历岁月与战功的积淀，逐渐成为镇守西南的大将，被誉为“川中支柱”。
但这些战绩在朝中群臣和皇帝眼中，并未引起足够重视，因此他长期担任低阶的兵备官，驻守成都。
这次他被委以重任，单独领兵一万，直取叛军腹地，可谓一雪前耻。在与奢崇辉的多次交锋中，鲁钦屡战屡胜，展现出非凡的指挥才能。
只是苦于缺乏重型武器和攻城器械，无法突破敌军的城墙与堡垒，迟迟难以扩大战果。
朱由校赶到后，立刻下令架起数十门火炮，对着这些土司精心打造的防御工事发起猛烈轰炸。
有了火器支援，攻克这些类似山寨土匪窝的据点变得轻而易举。
奢崇辉手中兵力不到万人，怎能敌得过数万装备精良、士气高昂的明军？面对明军井然有序且火力强劲的进攻，他撑不过半日便全军覆没，身死道消，与兄长相会于黄泉之下。
朱由校又用了三天时间，彻底肃清整个区域。
这期间，明军四面出击，占领了这些土司统治数百年的土地。
凡是属于永宁宣慰司管辖下的部落与土司势力，无论是否真正参与叛乱，有无确凿证据，统统被解除武装。
其首领与核心人物，凡是有影响力的，一律押往御营见驾。
若有人不服从或起意反抗，明军不会多言，直接动手。不论男女老少，凡有抵抗，皆格杀勿论。
这些长期处于土司统治下的百姓，与大明、与汉人离心离德，甚至心怀敌意。对他们，也就没有留情的必要。
世间最不缺的就是人口。
朱由校早为大明朝庞大的人口基数发愁，粮食就那么多，要供养数千万人实在吃力。借这个机会减少一些负担，倒也未尝不可。