硝烟未散的宇宙中，联合舰队拖着残破的身躯开始返程。林小羽倚靠着创世星核权杖，杖头星辰的光芒黯淡如垂死的萤火，她望着艾克斯冰冷的机械残骸，金色眼眸中盛满悲怆。旗舰的主控室里，苏晴的青铜吊坠彻底龟裂，符文投影也随之熄灭，仿佛耗尽了最后的力量。
“各单位注意，检测到十二处星域出现空间紊乱。” 艾琳的声音从通讯频道传来，带着难以掩饰的疲惫，“暗渊遗族的熵能探测器显示，那些区域残留的混沌能量正在异常增殖。” 暗渊遗族首领的触须无力地垂下：“我族损失了七成战士，熵能储备也濒临枯竭，恐怕...”
就在众人商讨应对之策时，宇宙深处传来一阵诡异的波动。林小羽手中的权杖突然剧烈震颤，杖身浮现出细密的裂痕。“是那颗暗紫色种子！” 她瞳孔骤缩，“它在吸收残余的混沌能量，而且... 它的位置正在向银河系中心移动！” 艾克斯的残骸突然闪烁起微弱的红光，机械眼投射出模糊的星图，标记出种子的轨迹正指向一个古老的星域 —— 传说中三位创世神的陨落之地。
“那里曾是创世神与混沌势力最终决战的战场。” 暗渊遗族首领的声音充满敬畏，“古籍记载，创世神用最后的力量在那里设下了禁忌封印，难道那颗种子...” 他的话未说完，整个舰队的警报声骤然响起。无数暗紫色的孢子从虚空中钻出，这些孢子与之前的混沌生物不同，表面流转着银色纹路，竟能干扰星舰的武器系统。
“这些孢子在进化！” 苏晴惊呼，她强行启动备用系统解析孢子结构，“它们吸收了创世星核的能量波动，产生了适应性变异！” 林小羽握紧权杖，金色光芒再次亮起，却比之前黯淡许多。光芒触及孢子的瞬间，孢子突然爆裂，释放出腐蚀一切的黑雾。一艘星舰的防护罩在黑雾中瞬间瓦解，金属外壳被啃噬得千疮百孔。
战斗陷入胶着时，林小羽突然感受到一股熟悉的气息。她的光刃残片微微发烫，碎片中封印的星核力量自主流转，在她周身形成防御屏障。“是陆辰...” 她喃喃自语，“他的力量还在守护着我们。” 受此启发，林小羽尝试引导权杖与光刃碎片共鸣，璀璨的光芒迸发而出，竟将周围的孢子尽数净化。
然而，这只是暂时的胜利。孢子群退去后，众人发现银河系中心方向的天空已变成诡异的暗紫色。那里的空间扭曲成漩涡状，隐约可见一颗巨大的暗紫色球体正在成型，球体表面浮现出混沌主宰的面孔虚影。“它在借种子重生！” 苏晴的声音带着绝望，“如果让它吸收完创世神封印的力量，整个宇宙...”
星耀联盟与暗渊遗族紧急召开联合会议。环形会议桌上，全息投影展示着危机四伏的宇宙图景。“我们需要时间恢复战力。” 艾琳抚摸着破损的战甲，“但那颗种子的成长速度远超预期。” 暗渊遗族首领突然举起一块发光的晶体：“这是在熵能矿脉深处发现的‘秩序结晶’，或许能修复创世星核权杖。”
林小羽将秩序结晶嵌入权杖，光芒闪烁间，杖身的裂痕开始愈合。但她能感觉到，权杖依然缺少某种关键力量。此时，陆辰的虚影突然浮现，他的手中托着一团星光：“小羽，创世星核的真正力量，需要三位守护者的本源唤醒。而这三位守护者的残魂，就封印在创世神陨落之地。”
新的征程就此展开。联合舰队重整旗鼓，朝着银河系中心进发。途中，他们遭遇了更多变异的混沌生物。这些生物不仅拥有强大的攻击力，还能模仿众人的招式。一只形似林小羽的混沌生物，挥舞着光刃与她激烈交锋；另一只则化身为艾克斯，发射出威力惊人的粒子炮。
“它们在复制我们的能力！” 艾克斯的机械残骸被改造成移动炮台，炮口蓝光闪烁，“必须攻击它们的核心，那里储存着复制的数据。” 林小羽与混沌生物缠斗时，突然发现其核心处有一缕银色丝线。她想起孢子表面的银色纹路，意识到这是种子赋予它们的特殊能力。
随着舰队不断深入，前方的暗紫色球体愈发巨大。球体表面的混沌主宰虚影睁开双眼，恐怖的威压让所有战舰的引擎都出现故障。林小羽高举权杖，与同伴们的力量汇聚在一起。光芒中，三位创世神的虚影再次浮现，他们的目光望向银河系中心，仿佛在等待着某个时刻的到来......