秦逸等人踏入时空门，发现自己置身于一个被永恒黄昏笼罩的宇宙。天空中漂浮着无数破碎的钟表，秒针逆向转动，将整个世界定格在杨过与小龙女绝情谷分别的瞬间。
“这里的时间被冻结了。”苏瑶轻抚玉笛，笛音中夹杂着小龙女十六年苦等的呜咽。婴儿突然啼哭，眼中射出的星辰光束击碎了最近的钟表，露出内部封印的《九阴真经》残页——正是黄蓉在另一个宇宙中被魔剑贯穿前写下的遗书。
就在秦逸伸手触碰残页时，时空突然扭曲。他看到十六岁的杨过在绝情谷底挖掘寒玉床，三十岁的杨过在襄阳城头力战至死，而真正的神雕侠侣本体正被熵魔议会的时间魔神用锁链束缚在时间漩涡中。
“这是……因果悖论！”秦逸运转剑魄星辰力，却发现自己的攻击被时间乱流反弹。苏瑶展开冰凤神雕虚影，试图冻结时间魔神，却看到冰凤的羽毛在接触魔神的瞬间化作齑粉。
婴儿突然伸手，将破碎的钟表碎片吸入掌心。秦逸看到碎片中浮现出小龙女在各个时间线的元神烙印，这些烙印在婴儿的因果之力下重组，形成可以穿越时间的玉女穿梭术。
“苏瑶，用穿梭术回到小龙女跳崖前的瞬间！”秦逸将星辰剑抛向苏瑶。苏瑶心有灵犀地运转功法，带着婴儿消失在时空涟漪中。秦逸则留在原地，与时间魔神展开殊死搏斗。
在时间漩涡中，苏瑶看到小龙女站在绝情谷崖边，玉蜂浆瓶从她颤抖的手中滑落。“龙儿姐姐，接住！”苏瑶将婴儿的星辰之力注入玉瓶，瓶中突然爆发出可以重写时间的九转阴阳之气。
当玉瓶落入小龙女手中时，整个绝情谷的时间线开始重组。苏瑶看到杨过在十六年后带着神雕归来，看到小龙女在寒玉床写下《九阴真经》残卷，这些画面在婴儿的因果之力下融合成新的时间法则。
秦逸趁机将《九阴万象经》刺入时间魔神心脏，却发现魔神的本体是由无数神雕侠侣的死亡瞬间构成。他运转降龙星辰掌，将十二道星轨化作黯然销魂掌法，掌法中融入了苏瑶在不同时间线的冰凤之火。
当掌法与魔神本体碰撞时，秦逸看到了宇宙诞生的真相——神雕侠侣的爱情本就是太初仙帝为对抗熵魔议会创造的时间锚点。他的剑魄星辰力突然觉醒终极剑意——时间湮灭式，这招可以将敌人的存在从所有时间线中抹除。
“秦逸，小心！”苏瑶的呼喊从时空裂隙中传来。秦逸转身，看到熵魔议会的十三魔神同时出现在不同时间线，他们手持灭世沙漏，正在抽取神雕侠侣的时间本源。
婴儿突然啼哭，声音中蕴含着可以操控时间的力量。秦逸感到体内的九黎玄珠与沙漏产生共鸣，他将时间湮灭式与冰凤焚天诀融合，在虚空中刻下新的时间法则：“所有宇宙的神雕侠侣将共享时间线，他们的爱情之火将成为抵御熵魔的终极防线。”
当法则生效时，秦逸看到诸天万界的神雕侠侣携手组成了新的时间结界，他们的爱情之火形成了可以抵御熵魔侵蚀的防护罩。熵魔议会的魔神们发出不甘的怒吼，他们的本体开始被防护罩净化成暗金色液体。
秦逸趁机将液体注入灭世沙漏，沙漏表面浮现出太初仙帝的虚影：“星辰使，真正的救赎不是消灭敌人，而是让每个宇宙都有选择的自由。”虚影消失前，秦逸看到沙漏中封印着所有宇宙的未来可能性。
当秦逸和苏瑶回到现实世界时，发现海底的青铜棺已经沉入更深的海底。棺盖上浮现出一行小字：“神雕侠侣，情系诸天。时间的真相，藏在婴儿的瞳孔里。”
秦逸握紧苏瑶的手，感到体内的九黎玄珠与婴儿的星辰之力产生共鸣。他知道，新的冒险即将开始，而他们的爱情将永远是对抗黑暗的终极武器。