初号机被六号机用卡西乌斯之枪穿过胸口钉在地上封印住。
联合国和多方分部为了阻止初号机再一次发动冲击仪式，便以初号机为中心在周围环绕一圈封印柱加以保险。
近三冲击后使得日本小部分地区的人类被反A.t立场核化。
这次的近三冲击并没有造成多大损失，因为渚薰驾驶的六号机在仪式进行中半路就用卡西乌斯之枪给中止。
但后面的第三次冲击很快就会到来。
五个小时后
黄哲田（分身）从宿舍苏醒，他一起来立即打开系统面板刷新道具和技能的页面。
终于刷掉两页后，他终于再次找到一张技能升级卡！
呵，真是天助我也。不过也要好好感谢一下系统。
由于这张升级卡价格有点小贵，但还在自己的积分承受范围内，所以黄哲田毫不犹豫就买下来。
刷新最后一次页面，黄哲田用最后三分之一的积分买下一张一次性道具卡和一个技能。
一次性道具卡——改造之卡：可以把肉体与机械组合在一起，打造新的武器和科技物品。
第二个技能——驾驶机体分身：在原地留影后，可以在远程迅速返回留影，并且能布置多个留影（不超过五个）
黄哲田用升级卡把分身技能再次升级，终于在耀眼的金光下，升级技能出现介绍。
已满级技能——分身技能：灵魂可以在分身和本体两者之间来回切换，没有时间限制和距离限制，但一方出现致命伤害，此技能就此废除。如一方躯体有异常情况可以转移到另外一个躯体。
（该技能已经没有本体和分身之说，宿主可以理解为一个灵魂，两个躯体。）
后面还是用分身和本体两个词来区分。
黄哲田看到升满级的分身技能，内心就瞬间想到自己的剧情计划！
他本体已经使徒化了，那如果本体出现在《终》时期里，自己可以将其转化为新的契约！
自己计划能与碇源堂的计划成功接轨并捆绑在一起，既然这样……
站队的问题就迎刃而解了，至于本体的嘛，就直接留在碇源堂这边当个摄像头。
自己这个分身到时候就留在美里新建立的wille组织里。
但他不想接受美里等人的控制，虽然他的分身不是使徒，但在wille组织还是处处被受限。
算了，到那时候再说吧。有系统的我可不会受任何人的控制。
接下来他要面对的是第十二使徒来袭！
这是引发第三次冲击的开始，也是新剧场版《q》的开端。
联合国派遣军队把NERV总部周围重兵把守，但由于总部地面的一切防御和堡垒都在力天使战斗过程中几乎全部摧毁，只留下总部的自爆程序。
联合国现在当务之急就是要把NERV总部所有数据保存带走，地下中央教条区域进行封印处理，被封印的初号机也要一并带走。
可以到后面联合国失误，初号机最后还是没有被带走。
NERV总部司令办公室
碇源堂拿着手中的文件静静看，冬月耕造坐在一旁拿着棋谱一边看一边用手在桌子上比划。
就在这时，加持敲门进来。
碇源堂的眼镜反射着白光对加持问：“你们那边处理的怎么样？”
加持咧嘴一笑：“嗐，救灾行动还在。就是转移平民就有些困难，上面大部分区域都被反A.t立场核化，地面污染不适合人类久留。现在的主要任务就是把平民送往其他城市扩散，NERV总部所有成员到指定时间内被联合国护送离开这里。”
碇源堂语气不紧不慢道：“被封印的初号机也要一同转移，现在没有时间把碇真嗣从初号机内脱离出来。而且如果距离下一个使徒很快到来，能应用的机体现在只有两台。”
其实碇源堂就是要让第十二使徒闯入地底下的中央教条区域，从而让六号机下去阻止。
至于为什么要让六号机前往中央教条区域组织？
原因是六号机本身就是月球上被发现的第六个亚当。
被SELLE从中抽离灵魂，巨大的身躯制作如今mark.06号EVA机体，灵魂则是放入一个少年的躯体，变成第一使徒——渚薰。
亚当的后代回归亚当，莉莉丝的后代回归莉莉丝。
第十二使徒回归亚当也就是融合了mark.06号EVA机体，在开启第三次冲击仪式的基础上，还要献祭一个使徒。
也就是把莉莉丝给杀掉，然后成功引发第三次冲击，把全球范围的陆地生物差不多全部净化。
第二次冲击净化了海洋，第三次冲击净化了陆地，第四次冲击净化了灵魂。
在《新世纪福音战士：q》的剧情中，出现的无头初号机并非新生命体，而是初号机在特定状态下的形象。
在第三次冲击发生后，大地上出现了许多长得像 EVA 的红色无头形象，被称为“Infinity”。它们是人类灵魂的物质化，因第三次冲击被中途阻止，没有汇聚到 Guf 之门而形成。在外形上与初号机有相似之处，但并非真正的初号机。
初号机本身是人类补完计划的重要组成部分，拥有成为使徒的一切潜能，其中融入了碇唯的灵魂。在《福音战士新剧场版：q》中，初号机被封印在卫星轨道上，后被明日香和真希波夺回。
冬月耕造放下棋谱，对加持说：“在此之前，我们受SELLE和联合国的调查，准备要到外面一阵子。
这段时间我们不在，就由渚薰和你一起来管理总部。”
加持问：“怎么？这么快就对你们调查了？这事情刚结束不久，后面的安排还需要你们来操作。现在就要开始了，不太合理。”
碇源堂：“没有什么事情是合理的，初号机虽然交出去了，但他们依旧不放心。与其等待他们上门，还不如我们自己先走。”
加持无奈耸了耸肩膀：“这个活真是不轻松啊……”
碇源堂接着又安排：“天启这个人你好好用，他可是能阻止突发事件的重要支柱力。我不在的时候你们就是最高的指挥权。”
说完。碇源堂起身和冬月耕造便离开司令办公室。
加持看着碇源堂的位置，冷笑一声：“暂避锋芒吗？那我的暗中建立也该差不多了。我的时间所剩无几，能把一切知晓的事情都交给美里她。”
NERV总部休息区
黄哲田和加持坐在椅子上，喝着饮料看着窗外后勤部队正在维修。
加持把手中的咖啡放下，开口对黄哲田说：“我有时候真的想不明白你到底是怎么的存在，拥有使徒的能力却不是使徒，有着人类的身躯却有超出该有的范围。”
黄哲田喝一口橙汁转头看着加持：“你组建起来的队伍我会和明日香他们一起守护，但请你不要把我的身份告诉他们。目前就你一个人知道我的真实身份，后面的剧本很快就要对上。我能否保住你，就看碇源堂留给我们什么。”
加持吸口烟，缓缓吐出：“死我虽然怕，但面对真相的近在咫尺却不能得知，对于我来说比起死更难受。碇司令他们要离开总部一阵子，接下来的时间里由我和渚薰来接手管理。”
黄哲田：“不打算把所有的秘密告诉美里她吗？要我告诉的话很难让她相信，自己全力保护的东西到头来却是个笑话。”
原着中加持的死去，让美里性情大变。过去的性子全部卸掉深埋在心底，换上沉着冷静，处事不惊的领袖葛城美里。
至于新剧场版加持的死去是他驾驶飞行器前往地下中央教条区域用不为人知的手段把两把枪封印住被第十二使徒控制的六号机。（朗基努斯之枪，卡西乌斯之枪。）
成功阻止了第三次冲击仪式，成为人类的救世主。
但最后也死于在中央教条区域里。
加持把吸完的烟头用力掐灭，拍了拍身上不存在的烟灰：“嗯，我会跟她说。我在捣毁欧洲支部基地时，从里面的数据库里找到了净化反装置，做了最坏的打算。”
黄哲田把易拉罐拧扁，又问：“你这么做可是不留给自己活路，就算碇源堂不出手，但其他人呢？说不准……”
加持又从烟盒里拿出一根烟点燃：“这不是问题，我早就习惯了。真希波可以协助你和明日香前行，对于她我还是很放心。就是她这个人有点懒罢了，其他方面没得说，可以放心把背后交给她。”
黄哲田站起来伸个懒腰，打个哈欠：“唉，不得不说你准备的后手挺不错。就是自己的却没有多少，对了。你准备建立的新组织名字起了吗？”
加持痞笑道：“嗯……就叫wille组织吧。”
“嗯，很有含义。不过当下感觉有一种风雨欲来，但我答应的事情肯定会兑现。”
“那我在此谢谢你了，黄哲田。”
NERV总部秘密会议室
01：“最近一阵子你们先以考察的名义出去，暂时让你们的总部过渡。把尼布甲尼布撒之钥匙保管好，等剧情结束后，你们再回来这里为大本营。”
06：“重新启动零计划，量产机的项目也要提上。能和剧情对接的都不要错过，到那时候出现误差也能最大化减少损失。”
04：“在这方面上，我们的剧本还缺少一个节点。刚开始可用的机体并没有准备好，要生产的地方又在哪呢？”
碇源堂毫不犹豫给出答案：“欧洲支部伯大尼基地，以那里为跳板从中调动过来夺回这里。”
能大规模制造出量产机的完好工业建设，只有俄罗斯的伯大尼基地才可以，它是和军方合作一起制作军用EVA机体，量产的工业能力十分成熟。
其中《新世纪福音战士：q&终》的剧情出现大量人造使徒和量产EVA机体都是从这里制造出来的。
09：“打开南极的钥匙准备好，总共数量四个。”
07：“没有钥匙打开怎么开启最终的大门？”
碇源堂：“这个是理所当然要去做的，无非是前后顺序问题罢了。”
01：“这里很快就要发生巨大的变动，世界要重新规划。势必要完成计划……”
碇源堂：“至于你们说的四把钥匙，到时候留一把给他们。总有人会取走，初号机在仪式开始之前送往太空。”
01：“那就依你所言，整体的框架蓝图大致做好，就差实行。”
加持的所作所为碇源堂怎么可能不知道呢？
碇源堂从一开始就是让加持顺着自己留下的脚印跟上来，一切都是真实，但都是他让加持知道。甚至是加持想知道什么，他碇源堂就放什么。
在加持的不断追查下，碇源堂把自己暗中加夹的内容放入其中，让加持不断分析判断真实的方向。
内容是真的，但是顺序却是乱的。
如果缭乱的顺序错误做成一个完整的内容，就算是真实但其中的意思不再是原来的。
加持不知道这一点？不，他同样知道，但他在收集的过程中不断推敲和对证。就算错误的情报，但只要模拟沙盘来推演，总有一个是对的。
只不过他们能对证的机会不多，这是一个不可避免的缺点。
四把钥匙是四架飞舰，每个飞舰都有相对应的复制EVA机体。
比如美里等人从NERV手中夺取过来希望号的控制EVA机体是mark.09号EVA机体。
也就是零计划的复制体——黑丽所驾驶的机体。
希望号可以说是碇源堂故意留下给美里等人，吸引他们前往南极之地解开禁制。
但在原着中碇源堂没有想到，使得他失败的原因也有一部分，是自己当初把希望号故意让美里抢去，最后用希望号打造新的神器。
黄哲田来到医疗舱面前，隔着玻璃看向里面的本体。
对于本体和分身的去和留，他是十分纠结的。
如果本体被美里等人带走，那么他就要在脖子处戴上dSS项圈（deification Shutdown System choker）。
留在碇源堂这边站在和明日香的对立面，思来想去黄哲田决定还是让本体沉睡，自己到特定剧情，就让分身代替本体。
本体的一切异常可以转给分身，如果任何一方被毁，那么灵魂最终保留在另一方存活。
既然如此，自己在十四年空白期内扮演好天启这个角色就行。
使徒化的黄哲田，碇源堂肯定想搞事。
就看后面碇源堂收不收他本体……