拉响决战帷幕的是一场诡异至极的谋杀案件。
中原中也和太宰治将“书”进行改写的第二天，服部警视监突然出现在他们暂时落脚的酒店中，并且准确找到了他们的房间。
面对前来开门的中原中也他开门见山地告知了现在的主要情况：后藤女士死了。
尸体被发现在她目前居住的酒店的房间内，发现人是世良真纯。
她们原本就住在隔壁房间，因为宝石的问题目前勉强算是合作关系，早上世良来敲门的时候没有人开，打电话也没有反应，于是找来工作人员打开房门，这时候后藤女士已经死亡六个小时，初步推断她是在凌晨一点到两点死亡，死亡原因不明，初步推断是身体原因引起的猝死。
“但这明显是谋杀，昨天晚上监控被人恶意破坏，而且房间中各种物品都过分干净了——甚至没有找到属于后藤女士的指纹，很明显是有人来过并且清理了痕迹，床头摆放了一杯水，后藤女士曾经饮用过。”
前往警视厅的路上服部警视监将事情的经过悉数告知他们，并且再三强调这是一起有预谋的故意杀人案件。
当死因不明几个字出现的时候中原中也和太宰治就知道这是怎么回事了，和工藤一模一样的情况，只不过后藤女士没有那么幸运，她直接被药物带走了生命。
“所以现在需要我们做什么？”
中原中也问道，服部警视监从后视镜中看了一眼他，没有隐瞒：“不是我们警视厅希望你们做什么，而是横滨，织田先生正在等你们，还有一位——”
“中也！哦津岛你也在，好久不见我的孩子们，在东京和京都的生活怎么样？有没有很想我？”
“村江大叔？！为什么你现在会在这里？”
村江伸手拍了拍两个少年的肩膀，太宰治闪了一下没有得逞，龇牙咧嘴往中原中也身后躲，村江权当没看见，先是和服部警视监打过招呼才说：“当然是有不得不来做的事情，这么紧张的时候作为最强警官的我没有出现在这里就太可惜了！而且，之前津岛一直是被森鸥外收养，这次顺便代替这位解除你们之间的收养关系。”
太宰治露出一个诡异的表情：“这种东西竟然真的是存在的，而且还是有法律效益的吗……”
“毕竟当时经过的都是正规程序，不过不用担心，很快你就是真正意义上的‘孤儿’了，是不是很高兴！”
“我要为你没有自作主张把我变成你的另一个养子而感谢你。”
“哈哈哈，我可不敢把你放在身边，我不像森鸥外命那么硬。”
村江说着向他比了一个胜利的手势，太宰治笑了笑没说话，这大叔已经疯了很多年，他都快要习惯了。
穿过人来人往的警视厅大堂，一行人最后在来到会议室，房间中全都是这起案件的相关人员，世良真纯、冲矢昴、毛利小五郎、工藤优作、国木田独步、织田作之助、坂口安吾以及目暮警官。
中原中也惊讶了一秒，很快被太宰治带着坐到了村江身边，服部警视监坐下之后，会议正式开始了。
在日本近五十年来，一直存在一个神秘的黑手党组织，他们和横滨的黑手党并不相同，目的并不是为了钱财才进行黑色交易，而是为了某个更加神秘的目的。
最初的十几年间基本没有人察觉到他们的存在，直到二十年前的一项明令禁止的实验中发现了他们的痕迹，这是警方第一次真正意识到黑衣组织的存在，但依旧没有实际证据，当时的组织已经逐步准备从海外市场回到日本，大约十七年前，发生了一起古怪的绑架案件，暂且称为A事件。
A事件中的受害人也就是在场的工藤先生的妻子，工藤有希子女士，在怀孕期间被绑架，顺利解救后并没有发现意外，但我们现在能够知道，当时的黑衣组织是为了将工藤新一作为实验体进行研发，但很可惜他们失败了。
随后十几年间，黑衣组织不断联络并威胁计算机、化学、药物学以及神经学等方面的学者，要求对方加入自己的组织并且为组织做出贡献，拒绝提议的基本都会遭到暗杀，同时其重心逐渐转向日本内部，与多位要员进行秘密交易，通过使用药物的方式对不配合的人员进行暗杀。
之后黑衣组织保持着与法国组织的联系，并且在他们的帮助下利用潘多拉宝石制造了神秘药物，具体功能暂时不清楚，但能够明确的是，部分反抗黑衣组织的普通民众就是服下这种药物后死亡的，死亡方式与今天的后藤女士十分相似，为了阻止黑衣组织我们警方正在竭尽全力将伤害降低到最小，不断获取情报尝试从内部瓦解整个组织。
很荣幸今天能够和各位坐在这里准备最终的收网计划，我相信各位对于黑衣组织都有一定的了解，或许我们中有着不同的立场，不同的身份和不同的目的，但现在，我们的目标是一致的。
目前，黑衣组织在和横滨接触的过程中被重创，异能的加持下他们根本不可能占据上风，试图与港口黑手党合作的计划已经被粉碎。
东京方面，由于横滨部分出现的问题比较严重，目前东京也也是薄弱区域，唯一的问题就是他们人员分散比较严重，需要时间对人员进行整合追踪。
京都方面，在上次的案件之后京都方面已经进行了严格管控，可以确定的是组织中的重要成员代号“琴酒”的黑泽阵以及代号“贝尔摩德”的莎朗·温亚德依旧在京都范围活动，并且在他们的“boSS”很有可能也从东京转移至京都，目前的问题是我们需要找到他们的据点，并且明确一点，黑衣组织的boSS确定拥有异能，但异能种类和具体特点并不清楚，危险程度未知。
以上内容为目前我们对黑衣组织的了解情况，根据情况进行分析，能够判断得出黑衣组织是一个有着强大野心和目的性的黑色组织，在国际上以各种黑色交易为掩护，实际上正在进行某种神秘项目的研究，很有可能危害整个人类社会，是一个极其危险的跨国犯罪组织，必须小心谨慎，做好充足的准备应对。
接下来是接下来计划的具体安排，横滨的几位需要配合我们的工作，在最后进攻过程中提供一定掩护作用，务必将黑衣组织的boSS彻底消灭；目暮警官、毛利先生以及工藤先生需要帮忙进行幕后工作，目前情报有限，我需要各位侦探和警员的帮助找到他们的据点以及可能发生的意外情况，几位或多或少都和黑衣组织进行过接触，希望各位能够尽可能提供信息和情报消息。
世良同学和——冲矢先生，合作的事情需要我们再仔细核对检查，在面对相同敌人的前提下希望我们能够达成一致，非常感谢各位的帮助。
以上，针对黑衣组织的剿灭计划正式开始，再次感谢各位的帮助与牺牲。